- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Популяционнаягенетика - 6 презентация
Содержание
- 1. Популяционнаягенетика - 6
- 2. Факторы эволюции мутации отбор половое размножение генетико-автоматические процессы (генетический дрейф) миграция
- 3. Как отличить Дарвина от Кимуры?
- 4. тест Dn/Ds положительный отбор: Dn/Ds > 1
- 5. dn/ds тест для отдельных ветвей филогенетического дерева Bazykin et al. PNAS 2006
- 6. Bush et al. Science 1999
- 7. Plotkin et al. PNAS 2000
- 8. Positive selection mapping of HIV-1 protease from
- 9. Distances between successive nonsynonymous (Upper) and synonymous
- 11. Amino acid sites inferred to be under
- 13. тест Dn/Ds положительный отбор: Dn/Ds > 1
- 14. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength
- 15. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength
- 16. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength
- 19. Тест Макдональда-Крейтмана
- 20. kнейтральная ~ u kполезная ~ 2Nus
- 21. Bazykin et al. Biology Direct 2007
- 22. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength
- 23. Dn/Ds = 0.1: что это значит? selectionstrength
- 25. Тест Макдональда-Крейтмана Основное объяснение: движущий отбор
- 26. Ometto et al. Mol. Biol. Evol. 2005
- 27. «Выметание» отбором
- 28. «Выметание» отбором
- 29. «Выметание» отбором
- 30. «Выметание» отбором
- 31. «Выметание» отбором Hamblin and Di Rienzo, 2000 Am. J. Hum. Genet. 66:1669–1679
- 32. «Выметание» отбором
- 33. «Выметание» отбором
- 34. «Выметание» отбором
- 35. «Выметание» отбором
- 36. «Выметание» отбором
- 37. Неравновесие по сцеплению Sabeti et al., 2002 Nature 419:832-837
- 38. kнейтральная ~ u kполезная ~ 2Nus
- 39. Lynch et al. Science 2003
- 40. Lynch et al. PNAS 2007
Слайд 2Факторы эволюции
мутации
отбор
половое размножение
генетико-автоматические процессы (генетический дрейф)
миграция
Слайд 4тест Dn/Ds
положительный отбор: Dn/Ds > 1
нейтральная эволюция: Dn/Ds = 1
отрицательный
отбор: Dn/Ds < 1
вид 1 ATG TCC CTA TAC GGA GCT
вид 2 ATG TCT CAT TAT AGA GAT
Слайд 8Positive selection mapping of HIV-1 protease from 40,000 patient samples. The
Ka/Ks value represents the greatest selection pressure among all the individual amino acid mutations at each codon. The dotted line indicates the Ka/Ks value of 1 (Ka = dN, Ks = dS)
Слайд 9Distances between successive nonsynonymous (Upper) and synonymous (Lower) substitutions on the
phylogenetic trees. The mean distance between successive nonreversing substitutions is shown for codon sites with each total number of substitutions on the tree (dots). Solid lines present mean distances between successive substitutions within each sliding 30-site window. Dashed lines show mean distances between independent substitutions obtained in simulations.
Bazykin et al. PNAS 2006
Слайд 11Amino acid sites inferred to be under positive selection in HIV-1
gp120. (A) Amino acid sites with >80 replacements. (B) Rapidly evolving sites previously inferred to be under positive selection. (C) Conservative sites (<80 replacements) with strongly clumped substitutions.
Bazykin et al. PNAS 2006
Слайд 13тест Dn/Ds
положительный отбор: Dn/Ds > 1
нейтральная эволюция: Dn/Ds = 1
отрицательный
отбор: Dn/Ds < 1
вид 1 ATG TCC CTA TAC GGA GCT
вид 2 ATG TCT CAT TAT AGA GAT
Слайд 25Тест Макдональда-Крейтмана
Основное объяснение:
движущий отбор
Альтернативное объяснение:
усиление стабилизирующего отбора
(напр. из-за
увеличения размера популяции)
этот тест чувствителен к особенностям популяционной демографии
