- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Программа MEME презентация
Содержание
- 1. Программа MEME
- 2. Локальное выравнивание довольно часто имеет больший биологический
- 3. Онлайн форма MEME Следует заполнить: Email Загрузить
- 4. Основные результаты MEME Для каждого блока SEQUENCE
- 5. MEME vs Muscle Блоки
- 6. PSSM (position-specific scoring matrix) LQEHFHC LQEFFHC LECYFGS 1234567
- 7. Motif file name: MEME motifs from sequences
- 8. Основные результаты MAST
Локальное выравнивание довольно часто имеет больший биологический смысл, чем глобальное
МЕМЕ – наиболее популярная программа множественного локального выравнивания MEME находит блоки, т.е.участки локальных выравниваний без гэпов
Слайд 1Программа MEME
Множественное локальное выравнивание
http://meme.nbcr.net/meme4_3_0/cgi-bin/meme.cgi
Слайд 2Локальное выравнивание довольно часто имеет больший биологический смысл, чем глобальное
МЕМЕ –
наиболее популярная программа множественного локального выравнивания
MEME находит блоки, т.е.участки локальных выравниваний без гэпов
MEME находит блоки, т.е.участки локальных выравниваний без гэпов
Слайд 3Онлайн форма MEME
Следует заполнить:
Email
Загрузить файл с последовательностями в FASTA-формате (или paste
в текстовое поле)
Указать, сколько раз найденный блок может встречаться в заданном выравнивании
Один
От нуля до одного
Любое число раз
Указать, сколько раз найденный блок может встречаться в заданном выравнивании
Один
От нуля до одного
Любое число раз
Слайд 4Основные результаты MEME
Для каждого блока
SEQUENCE LOGO
log likelihood ratio(LLR)
E-value
p-value
PSSM (position-specific
scoring matrix
PSPM (position-specific probability matrix)
PSPM (position-specific probability matrix)
Слайд 5 MEME vs Muscle
Блоки MEME не обязательно во всех
последовательностях
Блоки MEME могут не совпадать с выравниванием Muscle
Блоки MEME могут не совпадать с выравниванием Muscle
Слайд 7Motif file name: MEME motifs from sequences in file pasted_sequences.
Number
of motifs: 1
Total motif columns: 46
Motif alphabet: PROTEIN
Database to search: Protein Data Bank (peptide and nucleotide) (pdb.aa)
Displaying sequences with E-value < 10
Motif display threshold: motif p-value < 0.0001
Total motif columns: 46
Motif alphabet: PROTEIN
Database to search: Protein Data Bank (peptide and nucleotide) (pdb.aa)
Displaying sequences with E-value < 10
Motif display threshold: motif p-value < 0.0001
