- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Профессиональные банки последовательностей – UniProt, SwissProt, TrEMBL презентация
Содержание
- 1. Профессиональные банки последовательностей – UniProt, SwissProt, TrEMBL
- 2. Первый “банк данных” Атлас белковых последовательностей и
- 3. В конце 1970-х годов был изобретён относительно
- 4. gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat
- 5. Молекулярная биология Molecular biology Компьютер Computer Биоинформатика Computational Molecular biology
- 6. Для хранения все возрастающей информации о последовательностях
- 7. Банки данных Архивные (примеры:
- 8. InterPro, ... Банки структурной биологической информации
- 9. Банк данных Universal Protein Resource
- 10. ~7 000 000
- 11. Соотношение числа белков, представленных в разных банках
- 12. Документ банка данных Swiss-Prot Описание документа: идентификатор,
- 13. Основные поля записи SwissProt ID - Идентификатор
Первый “банк данных” Атлас белковых последовательностей и их структур 1965 -1978 Первая версия атласа содержала описание 65 (!) последовательностей белков
Слайд 2Первый “банк данных”
Атлас белковых последовательностей и их структур
1965 -1978
Первая версия атласа
содержала описание 65 (!) последовательностей белков
Слайд 3В конце 1970-х годов был изобретён относительно
быстрый и дешёвый метод экспериментального
определения
последовательности оснований в ДНК
последовательности оснований в ДНК
Организм
ДНК «в пробирке»
Последовательность
выделение
секвенирование
...TGCCACAAATCAC...
Молекулярная биология
Слайд 4gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg
ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct
ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa
gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg
ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa
agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa
attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat
aatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccga
gagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattc
tttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacaga
acaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatcta
cgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacag
ctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaa
aacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgata
cctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccga
gctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttac
tatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccg
acagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgc
tatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaa
acgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttca
ctaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttac
ccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataa
actcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaag
gattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacct
ctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttac
ctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataa
gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg
ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct
ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa
gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg
ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa
agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa
attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat
aatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccga
gagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattc
tttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacaga
acaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatcta
cgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacag
ctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaa
aacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgata
cctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccga
gctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttac
tatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccg
acagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgc
tatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaa
acgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttca
ctaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttac
ccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataa
actcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaag
gattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacct
ctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttac
ctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataa
gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg
ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct
ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa
gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg
ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa
agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa
attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat
aatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccga
gagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattc
tttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacaga
acaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatcta
cgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacag
ctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaa
aacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgata
cctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccga
gctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttac
tatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccg
acagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgc
tatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaa
acgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttca
ctaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttac
ccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataa
actcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaag
gattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacct
ctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttac
ctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataa
Молекулярная биология
Слайд 5Молекулярная биология
Molecular biology
Компьютер
Computer
Биоинформатика
Computational Molecular biology
Слайд 6Для хранения все возрастающей информации о последовательностях ДНК в 1982 году
был основан GenBank
— хранилище последовательностей нуклеиновых кислот
в виде компьютерных файлов
Слайд 7Банки данных
Архивные
(примеры: , )
за
содержание каждой записи отвечает её автор-экспериментатор
Курируемые за содержание записей отвечают специальные люди — кураторы
Автоматические записи генерируются компьютерными программами
Курируемые за содержание записей отвечают специальные люди — кураторы
Автоматические записи генерируются компьютерными программами
Слайд 8InterPro, ...
Банки структурной биологической информации
Архивные базы последовательностей НК
Автоматическая база
различных последовательностей НК
Курируемая
база
последовательностей белков
Автоматическая база
предсказаний
последовательностей белков
Архивная база пространственных
структур макромолекул
И многие другие...
Банки семейств белков
Слайд 9 Банк данных
Universal Protein Resource
UniProt Archive – UniParc
Все доступные
белковые последовательности из разных БД
Свой неизменный ID
История записей про каждую последовательность
UniProt Reference – UniRef
Избавление от избыточности
Свой неизменный ID
История записей про каждую последовательность
UniProt Reference – UniRef
Избавление от избыточности
UniProt Knowlegebase
Слайд 10
~7 000 000
последовательностей
компьютерный поиск гена, трансляция и
компьютерная аннотация
UniRef
(UniProt
non-redundant
Reference
databases)
UniParc
(UniProt Archive)
408 099 последовательностей
Экспертиза
Базы данных
научной литературы
Слайд 11Соотношение числа белков,
представленных в разных банках
Последовательностей во много раз больше, чем
структур!
Большинство последовательностей не аннотированы!
Большинство последовательностей не аннотированы!
Слайд 12Документ банка данных Swiss-Prot
Описание документа: идентификатор,
имя, дата создания и модификации
Аннотация
последовательности
Последовательность
Слайд 13Основные поля записи SwissProt
ID - Идентификатор последовательности, часто кодирует биологически осмысленную
информацию, меняется от выпуска к выпуску БД
AC - "Код доступа" — уникальный идентификатор последовательности, не меняющийся от выпуска к выпуску БД
DE - Название (краткое описание) белка, часто указывающее на его функцию
OS - Организм, в котором найден белок
OC - Полная таксономия организма
AC - "Код доступа" — уникальный идентификатор последовательности, не меняющийся от выпуска к выпуску БД
DE - Название (краткое описание) белка, часто указывающее на его функцию
OS - Организм, в котором найден белок
OC - Полная таксономия организма
И сама последовательность, конечно.
