Mechanical Properties of DNA Local Structure: Ultrasound Studies презентация

Содержание

Облучение водно-солевых растворов ДНК ультразвуком

Слайд 1Mechanical Properties of DNA Local Structure: Ultrasound Studies
Dmitry Yu. Nechipurenko

, Mikhail V. Golovkin , Sergej L. Grokhovsky , Irina А. Il'icheva ,
Larisa A. Panchenko, Robert V. Polozov, Yurii D. Nechipurenko

M.V.Lomonosov Moscow State University,
Engelhardt Institute of Molecular Biology  RAS,
Institute of theoretical and experimental biophysics

Слайд 2Облучение водно-солевых растворов ДНК ультразвуком


Слайд 3Разрыв фосфодиэфирной связи


Слайд 4Специфика расщепления молекул ДНК ультразвуком
Важнейшим результатом экспериментов по расщеплению ДНК ультразвуком

является вывод о зависимости вероятности разрыва молекулы ДНК от последовательности нуклеотидных пар

Слайд 5Диаграмма интенсивности расщепления фрагментов ДНК


Слайд 6Относительные интенсивности расщепления 16 динуклеотидов


Слайд 7
Расщепление ДНК ультразвуком в присутствии цис-платина (cis-Pt)


Слайд 8Расщепление ДНК ультразвуком в присутствии ионов металлов


Слайд 9С.Л. Гроховскому,
И.А. Ильичевой,
Р.В. Полозову,
Ю.Д. Нечипуренко,
Н.Г. Есиповой,
Г.В. Гурскому,
А.Ю. Зайцеву.
Благодарности


Слайд 10
Модель идеальной струны


Слайд 11Моделирование реакции ДНК на внешние воздействия


Слайд 12Моделирование растяжения фрагмента ДНК


Слайд 14 Проведенный количественный анализ расщепления молекул ДНК ультразвуком позволяет сделать следующие выводы:

1)

Наиболее вероятными являются разрывы в динуклеотидах 5’-d(CpG)-3’, 5’-d(CpА)-3’ и 5’-d(CpT)-3’

2) Разрывы нитей двойной спирали не всегда происходят между двумя соседними парами оснований

3) На характер расщепления влияет связывание лигандов с молекулой ДНК .

Был создан пакет программ (метод молекулярной динамики), позволяющий проводить моделирование реакции ДНК на внешние воздействия

Заключение


Слайд 15Публикации
1. Нечипуренко Ю.Д., Полозов Р.В., Нечипуренко Д.Ю., Ильичева И.А., Воробьев Е.А.,

Гроховский С.Л. и Гурский Г.В. Математические модели регуляции экспрессии генов: механические возмущения структуры ДНК. // Математика. Компьютер. Образование: Сб. научных трудов. Том.2 / Под ред. Г.Ю.Ризниченко. - М.-Ижевск: НИЦ "Регулярная и хаотическая динамика". 2006, С. 392-402.

2. Nechipurenko Yu.D., Nechipurenko D.Yu., Polozov R.V., Grokhovsky S.L., Gursky G.V. DNA-based nanostructures: changes of Mechanical properties of DNA upon ligand binding. In: Nanomaterials for Application in Medicine and Biology, 2007. Springer, printed in the Netherlands.

3. Гроховский С.Л., Ильичева И.А., Нечипуренко Д.Ю., Панченко Л.А., Полозов Р.В., Нечипуренко Ю.Д. Локальные неоднородности структуры и динамики двухспиральной ДНК: исследование при помощи ультразвука. Биофизика, в печати.



Слайд 16Схема экспериментальной установки


Слайд 17Экспериментальные данные по растяжению единичных молекул ДНК


Слайд 18Полученная зависимость растяжения ДНК от приложенной внешней силы


Слайд 19Образование микроструи


Слайд 20Вероятностная модель двухстадийного разрыва молекулы ДНК


Слайд 21Корреляция взаимодействий с конформациями пар оснований


Слайд 22Начальный этап распространения энергии деформации
Энергетический профиль в момент достижения неоднородности


Распространение энергии деформации вдоль струны


Обратная связь

Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое ThePresentation.ru?

Это сайт презентаций, докладов, проектов, шаблонов в формате PowerPoint. Мы помогаем школьникам, студентам, учителям, преподавателям хранить и обмениваться учебными материалами с другими пользователями.


Для правообладателей

Яндекс.Метрика