- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Инструкция Swiss PDB Viewer презентация
Содержание
- 1. Инструкция Swiss PDB Viewer
- 2. Моделирование на основании гомологии для каждого
- 3. Homology modeling Моделирование неизвестной структуры одного белка,
- 4. ExPASY (Expert Protein Analysis System) Экспертная система анализа белков
- 5. Подходы: Полностью автоматическое выравние последовательности шаблона и
- 6. http://www.expasy.org/swissmod
- 7. Optimise (Project) mode 1) Загрузка файла моделируемого
- 8. Создание проекта моделирования Если загружается несколько образцов:
- 9. Loading a target sequence Загрузка последовательности моделируемого
- 10. Загружаю файл в формате FASTA с PDB Открываем его как текстовый файл
- 11. 1. Загрузка моделируемой последовательности (мишень)
- 12. 2.Поиск гомологичной последовательности (шаблона) Выделяем все молекулы
- 13. 3.Создание проекта модели Управление выравниванием между последовательностями
- 14. 4.Выравнивание последовательности мишени по шаблонам Fit>Fit Raw
- 15. Ручное управление выравниванием Окно Alignment Для вставки
- 16. Для наиболее удобного управления используйте окно
- 17. Отправка результатов моделирования на e-mail
- 18. Cовершентствование модели Построенная 3D модель будет отправлена
- 19. В зависимости от качества модели: Незначительная
- 20. 3 типа изображения Display>Slab - сечение изображения
- 21. 3D - изображение Display>Use OpenGL Rendering Отображаются Ленты и Поверхности
- 22. Render in solid 3D Отображаются боковые цепи
- 23. Управление изображением
- 24. Стерео изображение Display>Stereo View red and blue
Слайд 2Моделирование на основании гомологии
для каждого белка был получен хотя бы один структурный
гомолог (идентичность >30%)
Слайд 3Homology modeling
Моделирование неизвестной структуры одного белка, на основании его гомологичности с
другим, для которого структура доподлинно известна и подтверждена экспериментальным путем (Кристаллография, ЯМР)
Слайд 4ExPASY (Expert Protein Analysis System)
Экспертная система анализа белков – протеомный сервер Института Бионформатики
Швейцарии, который содержит еще несколько баз данных:
SWISS-PROT
TrEMBL
PROSITE
PDB
SWISS-PROT
TrEMBL
PROSITE
PDB
Слайд 5Подходы:
Полностью автоматическое выравние последовательности шаблона и модели. Первичная последовательность белка моделируется
путем добавления его в формате Fasta в Swiss-Model (http://www.expasy.org/swissmod)
Оптимизация с помощью DeepView
Олигомерное моделирование
Оптимизация с помощью DeepView
Олигомерное моделирование
Слайд 7Optimise (Project)
mode
1) Загрузка файла моделируемого белка:
File>Import>Grab from server SwissProt Seq
или
SwissModel>Load Raw
Sequence
Загрузка файла белка-шаблона:
Edit>BLAST Selection vs. ExPDB
или
• SwissModel>Find Appropriate [ExPDB Templates
Загрузка файла белка-шаблона:
Edit>BLAST Selection vs. ExPDB
или
• SwissModel>Find Appropriate [ExPDB Templates
Слайд 8Создание проекта моделирования
Если загружается несколько образцов:
Fit>Iterative Magic Fit
Fit>Fit Raw Sequence
Выравние модельной
последовательности и построение 3D модели:
Fit>Fit Raw Sequence
Подгонка вручную:
Alignment window
Для модели, состоящий из нескольких субъединиц:
SwissModel>Homo Multimer Mode
Fit>Fit Raw Sequence
Подгонка вручную:
Alignment window
Для модели, состоящий из нескольких субъединиц:
SwissModel>Homo Multimer Mode
Слайд 9Loading a target sequence
Загрузка последовательности моделируемого белка
FastA:
SwissModel>Load Raw Sequence
Select a Text
File
SWISS-PROT:
File>Import
В окне Import вводится шифр, далее SwissProt seq
SWISS-PROT:
File>Import
В окне Import вводится шифр, далее SwissProt seq
Слайд 122.Поиск гомологичной последовательности (шаблона)
Выделяем все молекулы мишени
Edit>BLAST Selection vs. ExPDB (связывается
с сервером и подбирает гомологи)
Кликните на файл для загрузки
Слайд 133.Создание проекта модели
Управление выравниванием между последовательностями модели и шаблона
Будет создано выравние,
по которому DeepViewer построит трехмернцю модель
В случае, если выбрано несколько шаблонов, то сначала для них выполняется функция суперпозиция – команда Fit>Iterative Magic Fit
В случае, если выбрано несколько шаблонов, то сначала для них выполняется функция суперпозиция – команда Fit>Iterative Magic Fit
Слайд 144.Выравнивание последовательности мишени по шаблонам
Fit>Fit Raw Sequence
Если загружено более 1 структуры,
то вырание идет по первой, а далее снужно ссылаться на слои
Линии между аминокислотами – идентичны
2 точки – очень похожи
1 точка – мало похожи
Слайд 15Ручное управление выравниванием
Окно Alignment
Для вставки разрыва в последовательности используйте пробел
Для удаления
разрыва используйтся backspace
Для перемещения аминокислоты или группы аминокислот используются клавиши вправо\влево
Слайд 16
Для наиболее удобного управления используйте окно Graphic – разрыв в последовательности
модели представлен длянной пептидной связью
Alignment – энергетическая зависимость последовательностей (между аминокислотами)
Alignment – энергетическая зависимость последовательностей (между аминокислотами)
Слайд 18Cовершентствование модели
Построенная 3D модель будет отправлена на почту в виде PDB
файла
Участки окрашенные голубым цветом – хорошое совпадение
Красные участки – полностью достроенные, не точны
Слайд 19В зависимости от качества модели:
Незначительная корректировка боковых цепей:
При значительных недостатках, моделирование
повторяется
