- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
BLAST: презентация
Содержание
- 1. BLAST:
- 2. BLAST – алгоритм для нахождения участков локального
- 3. Protein BLAST: поиск аминокислотной последовательности в базе
- 4. вводим последовательность база данных организм (если надо ограничить) дополнительные параметры http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ → protein blast
- 5. Параметры сервиса максимальный размер выдачи порог на E-value параметры выравнивания борьба с «участками малой сложности»
- 6. Участок малой сложности Ищем: белок P02929
- 7. выбираем formatting options подтверждаем выбор
- 8. Что выдает BLAST? Набор последовательностей, сходных
- 9. Length=129 Score = 78.6 bits
- 10. E-value – ожидаемое количество случайных находок с
BLAST – алгоритм для нахождения участков локального сходства между последовательностями. Алгоритм сравнивает входную последовательность с последовательностями в базе данных, ищет сходные последовательности в базе данных и оценивает статистическую значимость находок.
Слайд 2BLAST – алгоритм для нахождения участков локального сходства между последовательностями.
Алгоритм сравнивает
входную последовательность с последовательностями в базе данных, ищет сходные последовательности в базе данных и оценивает статистическую значимость находок.
Слайд 3Protein BLAST: поиск аминокислотной последовательности в базе данных белков
Алгоритмы
blastp
psi-blast
phi-blast
Здесь описан интерфейс,
установленный на «родине» BLAST: National Center for Biotechnology Information (NCBI) в США,
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
Слайд 4вводим последовательность
база данных
организм (если надо ограничить)
дополнительные параметры
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/ → protein blast
Слайд 5Параметры сервиса
максимальный размер выдачи
порог на E-value
параметры выравнивания
борьба с «участками малой сложности»
Слайд 6Участок малой сложности
Ищем: белок P02929
если отключить “Compositional adjustments” и фильтр, то
одной из находок (18-ой от начала) будет следующее:
в исходном белке имеется участок, содержащий очень много пролина и глутаминовой кислоты
Данное выравнивание не свидетельствует о гомологии, несмотря на хорошее значение E-value (10-9)
Слайд 7выбираем formatting options
подтверждаем выбор
Переход к текстовому виду
Чтобы увидеть выдачу самой
программы (а не его обработку интерфейсом), можно поступить так:
Слайд 8Что выдает BLAST?
Набор последовательностей, сходных с входной последовательностью
для каждой находки приведены
E-value (“Expect”), Bit Score и Score
процент идентичности, сходства (Positives) и пробелов (Gaps) в выравнивании
информация о найденной последовательности
Слайд 9Length=129
Score = 78.6 bits (192), Expect = 9e-15, Method: Compositional
matrix adjust.
Identities = 34/73 (47%), Positives = 50/73 (68%), Gaps = 0/73 (0%)
Query 17 YRLEEVQKHNNSQSTWIIVHHRIYDITKFLDEHPGGEEVLREQAGGDATENFEDVGHSTD 76
Y EEV +H W+I++ ++Y+I+ ++DEHPGGEEV+ + AG DATE F+D+GHS +
Sbjct 11 YTHEEVAQHTTHDDLWVILNGKVYNISNYIDEHPGGEEVILDCAGTDATEAFDDIGHSDE 70
Query 77 ARALSETFIIGEL 89
A + E IG L
Sbjct 71 AHEILEKLYIGNL 83
Identities = 34/73 (47%), Positives = 50/73 (68%), Gaps = 0/73 (0%)
Query 17 YRLEEVQKHNNSQSTWIIVHHRIYDITKFLDEHPGGEEVLREQAGGDATENFEDVGHSTD 76
Y EEV +H W+I++ ++Y+I+ ++DEHPGGEEV+ + AG DATE F+D+GHS +
Sbjct 11 YTHEEVAQHTTHDDLWVILNGKVYNISNYIDEHPGGEEVILDCAGTDATEAFDDIGHSDE 70
Query 77 ARALSETFIIGEL 89
A + E IG L
Sbjct 71 AHEILEKLYIGNL 83
Выравнивание, выданное BLAST
Вес в битах
Вес
E-value
Число совпадений
Длина выравнивания
Длина найденного белка
Слайд 10E-value – ожидаемое количество случайных находок с таким же и лучшим
Score (в той же базе данных, с теми же параметрами):
E-value=Kmn·e-λS
S – Score (вес) m – длина исходной последовательности
n – размер базы данных (суммарная длина всех последовательностей)
K и λ - параметры
E-value=Kmn·e-λS
S – Score (вес) m – длина исходной последовательности
n – размер базы данных (суммарная длина всех последовательностей)
K и λ - параметры
Чем меньше E-value, тем больше значимость находки.
Bit score (вес в битах)
Выражение E-value через биты
