Анализ белковых последовательностей: Swiss-Prot презентация

Содержание

Слайд 1Swiss-Prot – одна из первых баз данных белковых последовательностей, “gold standard”

белковой аннотации.
Аннотация выполнена вручную группой профессиональных экспертов на основе экспериментальной информации, описанной в научных статьях.

Организована в 1986 году – SIB+EBI+PIR+GU = prof. Amos Bairoch

На сегодняшний день – Release 56.2 - 398181 последовательностей

Анализ белковых последовательностей: Swiss-Prot

Слайд 2UniProt DB
UniProt = Swiss-Prot + TrEMBL (Translated EMBL sequence database)
TrEMBL –

Release 39.2 - 6534543 sequences

Слайд 3Поиск белка в Swiss-Prot (по названию)

Слайд 4Advances search

Слайд 5Результаты

Слайд 6Выборка гомологичных белков

Слайд 7Сохранить в FASTA формате

Слайд 8Стандартная запись Swiss-Prot


Слайд 9Стандартные поля: entry, name, origin
Название записи, уникальный идентификатор (ID), предыдущие идентификаторы

соответствующей записи, даты первой и последней модификаций, распространенное название белка и его синонимы (EC номер для ферментов), название гена, организм и его таксономия, уровень подтверждения

Слайд 10NiceZyme (ферменты)

Слайд 11Taxonomy Browser

Слайд 12Ссылки на статьи, использованные для аннотации


Слайд 13Комментарии

Слайд 14Продолжение

Слайд 15Возможные разделы Комментариев

Слайд 16Cross-References

Слайд 17Cross-References
регистрация

Слайд 183D-Structure (список структур)

Слайд 19Reactome

Слайд 20Полиморфизмы

Слайд 212D GEL
+ курсор

Слайд 22Cross-References

Слайд 23GO terms
Определение термина, синонимы, родительские (Hierarchy) и дочерние термины, ключевые слова,

дата последней модификации

Слайд 24Cross-References, Keywords

Слайд 26KEGG (pathway viewer)

Слайд 27DrugBank

Слайд 28Keywords

Слайд 29Словарь ключевых слов

Слайд 30Feature Table

Слайд 31Координаты в Feature table

Слайд 32Feature table, продолжение

Слайд 33Feature Table, продолжение
Только экспериментальные

Слайд 34Feature Table viewer (Sequence Element viewer)

Слайд 35Feature aligner
Можно построить множественное выравнивание подмножества этих элементов (ClustalW) или скопировать

их в FASTA формате

Слайд 36Sequence

Слайд 37Sequence, продолжение

Слайд 38FASTA format
Программа FASTA (1988, WR Pearson & DJ Lipman):
>(the definition line)_уникальный_ID

+ короткое описание
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЬ БЕЛКА (ИЛИ ДНК) В ОДНОБУКВЕННОМ КОДЕ

RAW format – без definition line

Слайд 39NiceProt view

Похожие презентации

"Осень: поэт, художник, композитор". 326
prazdnik i rebenok 265
7 в 337
Стратегия формирования туристского комплекса Красноярского края, как механизм повышения экономической эффективности в отрасли 251
Углерод. 318
Государственный земельный контроль 545

Обратная связь

Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое ThePresentation.ru?

Это сайт презентаций, докладов, проектов, шаблонов в формате PowerPoint. Мы помогаем школьникам, студентам, учителям, преподавателям хранить и обмениваться учебными материалами с другими пользователями.

Для правообладателей

Яндекс.Метрика