них было четверо детей: Екатерина, Борис, Вера и Лев.
Старшая дочь Екатерина (Китти, как её звали в семье) (1888—1968) замужем не была, посвятила себя ведению домашнего хозяйства.
Сын Борис (1890—1895) умер в юном возрасте. Младшая дочь Вера (в замужестве Тонкова, 1896—1958) — художник-оформитель, в ранней юности участница движения футуристовСын Борис (1890—1895) умер в юном возрасте. Младшая дочь Вера (в замужестве Тонкова, 1896—1958) — художник-оформитель, в ранней юности участница движения футуристов, возлюбленная Владимира МаяковскогоСын Борис (1890—1895) умер в юном возрасте. Младшая дочь Вера (в замужестве Тонкова, 1896—1958) — художник-оформитель, в ранней юности участница движения футуристов, возлюбленная Владимира Маяковского. В 1918 году вышла замуж за сотрудника мастерской отца, архитектора, полякаСын Борис (1890—1895) умер в юном возрасте. Младшая дочь Вера (в замужестве Тонкова, 1896—1958) — художник-оформитель, в ранней юности участница движения футуристов, возлюбленная Владимира Маяковского. В 1918 году вышла замуж за сотрудника мастерской отца, архитектора, поляка по происхождению, Генриха Давидовича Гиршенберга. В 1919 годуСын Борис (1890—1895) умер в юном возрасте. Младшая дочь Вера (в замужестве Тонкова, 1896—1958) — художник-оформитель, в ранней юности участница движения футуристов, возлюбленная Владимира Маяковского. В 1918 году вышла замуж за сотрудника мастерской отца, архитектора, поляка по происхождению, Генриха Давидовича Гиршенберга. В 1919 году у них родилась дочь Марина (впоследствии театральный художник М. С. Лазарева-Станищева). После вынужденной эмиграции мужа по политическим мотивам в 1923 году супруги были заочно разведены. В 1924 году Вера Шехтель повторно вышла замуж за учёного секретаря Госплана СССРСын Борис (1890—1895) умер в юном возрасте. Младшая дочь Вера (в замужестве Тонкова, 1896—1958) — художник-оформитель, в ранней юности участница движения футуристов, возлюбленная Владимира Маяковского. В 1918 году вышла замуж за сотрудника мастерской отца, архитектора, поляка по происхождению, Генриха Давидовича Гиршенберга. В 1919 году у них родилась дочь Марина (впоследствии театральный художник М. С. Лазарева-Станищева). После вынужденной эмиграции мужа по политическим мотивам в 1923 году супруги были заочно разведены. В 1924 году Вера Шехтель повторно вышла замуж за учёного секретаря Госплана СССР Сергея Васильевича Тонкова. От второго брака в 1932 годуСын Борис (1890—1895) умер в юном возрасте. Младшая дочь Вера (в замужестве Тонкова, 1896—1958) — художник-оформитель, в ранней юности участница движения футуристов, возлюбленная Владимира Маяковского. В 1918 году вышла замуж за сотрудника мастерской отца, архитектора, поляка по происхождению, Генриха Давидовича Гиршенберга. В 1919 году у них родилась дочь Марина (впоследствии театральный художник М. С. Лазарева-Станищева). После вынужденной эмиграции мужа по политическим мотивам в 1923 году супруги были заочно разведены. В 1924 году Вера Шехтель повторно вышла замуж за учёного секретаря Госплана СССР Сергея Васильевича Тонкова. От второго брака в 1932 году родился сын ВадимСын Борис (1890—1895) умер в юном возрасте. Младшая дочь Вера (в замужестве Тонкова, 1896—1958) — художник-оформитель, в ранней юности участница движения футуристов, возлюбленная Владимира Маяковского. В 1918 году вышла замуж за сотрудника мастерской отца, архитектора, поляка по происхождению, Генриха Давидовича Гиршенберга. В 1919 году у них родилась дочь Марина (впоследствии театральный художник М. С. Лазарева-Станищева). После вынужденной эмиграции мужа по политическим мотивам в 1923 году супруги были заочно разведены. В 1924 году Вера Шехтель повторно вышла замуж за учёного секретаря Госплана СССР Сергея Васильевича Тонкова. От второго брака в 1932 году родился сын Вадим, впоследствии заслуженный артист России, ставший известным в образе Вероники Маврикиевны.
Младший сын, Лев Фёдорович ЖегинМладший сын, Лев Фёдорович Жегин (1892—1969, с 1915 года носил фамилию матери) — живописец и теоретик искусства, один из учредителей творческого объединения «Маковец». Наиболее значительный теоретический труд Льва Жегина — «Язык живописного произведения» — был опубликован лишь после его смерти.
Потомки Шехтеля проживают в Москве.
Семья Ф. О. Шехтеля