Выравнивания. Форматы файлов, используемых в биоинформатике презентация

Содержание

Форматы файлов, используемых в биоинформатике FASTA >roa1_drome Rea guano receptor type III >> 0.1 MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDVVVMKDPRTKRSRGFGFITYSHSSMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVKKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHFGNIVDNIVIDKETGKKRGFAFVEFDDYDPVDKVVLQKQHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNWNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFGGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYGNNQGFNNGGNNRRY >roa2_drome Rea guano ligand MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDVVVMKDPTSTSTSTSTSTSTSTSTMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVKKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHLLLLLLLDLLLLDLLLLDLLLFVEFDDYDPVDKVVLQK QHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNWNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFGGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYGNNQGFNNGGNNRRY

Слайд 1Выравнивания

Слайд 2Форматы файлов, используемых в биоинформатике
FASTA

>roa1_drome Rea guano receptor type III >>

0.1
MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDVVVMKDPRTKRSRGFGFITYSHSSMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVKKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHFGNIVDNIVIDKETGKKRGFAFVEFDDYDPVDKVVLQKQHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNWNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFGGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYGNNQGFNNGGNNRRY
>roa2_drome Rea guano ligand
MVNSNQNQNGNSNGHDDDFPQDSITEPEHMRKLFIGGLDYRTTDENLKAHEKWGNIVDVVVMKDPTSTSTSTSTSTSTSTSTMIDEAQKSRPHKIDGRVEPKRAVPRQDIDSPNAGATVKKLFVGALKDDHDEQSIRDYFQHLLLLLLLDLLLLDLLLLDLLLFVEFDDYDPVDKVVLQK
QHQLNGKMVDVKKALPKNDQQGGGGGRGGPGGRAGGNRGNMGGGNYGNQNGGGNWNNGGNNWGNNRGNDNWGNNSFGGGGGGGGGYGGGNNSWGNNNPWDNGNGGGNFGGGGNNWNGGNDFGGYQQNYGGGPQRGGGNFNNNRMQPYQGGGGFKAGGGNQGNYGNNQGFNNGGNNRRY

Слайд 3ClustalW
Очень известная и широко распространённая программа: UNIX, Internet, Windows.

Выполняет MSA;

может строить филогенетические деревья.
Входной файл – формат multi-fasta.

Слайд 4ClustalW
ToTo To fasta @ list

>IPNS_STRJU P18286
MPILMPSAEVPTIDISPLSGDDAKAKQRVAQEINKAARGSGFFYASNHGVDVQLLQDVVN
EFHRNMSDQEKHDLAINAYNKDNPHVRNGYYKAIKGKKAVESFCYLNPSFSDDHPMIKSE
TPMHEVNLWPDEEKHPRFRPFCEDYYRQLLRLSTVIMRGYALALGRREDFFDEALAEADT
LSSVSLIRYPYLEEYPPVKTGADGTKLSFEDHLDVSMITVLYQTEVQNLQVETVDGWQDI
PRSDEDFLVNCGTYMGHITHDYFPAPNHRVKFINAERLSLPFFLNAGHNSVIEPFVPEGA
AGTVKNPTTSYGEYLQHGLRALIVKNGQT
>IPNS_STRCL P10621
MPVLMPSAHVPTIDISPLFGTDAAAKKRVAEEIHGACRGSGFFYATNHGVDVQQLQDVVN
EFHGAMTDQEKHDLAIHAYNPDNPHVRNGYYKAVPGRKAVESFCYLNPDFGEDHPMIAAG
TPMHEVNLWPDEERHPRFRPFCEGYYRQMLKLSTVLMRGLALALGRPEHFFDAALAEQDS
LSSVSLIRYPYLEEYPPVKTGPDGQLLSFEDHLDVSMITVLFQTQVQNLQVETVDGWRDI
PTSENDFLVNCGTYMAHVTNDYFPAPNHRVKFVNAERLSLPFFLNGGHEAVIEPFVPEGA
SEEVRNEALSYGDYLQHGLRALIVKNGQT

input file:
Multi-fasta
Making the

file in unix

Слайд 5ClustalW
CLUSTAL W (1.7) multiple sequence alignment


IPNS_STRJU -MPILMPSAEVPTIDISPLSGDDAKAKQRVAQEINKAARGSGFFYASNHGVDVQLLQDVV
IPNS_STRGR

-MPIPMLPAHVPTIDISPLSGGDADDKKRVAQEINKACRESGFFYASHHGIDVQLLKDVV
IPNS_FLASS ----MNRHADVPVIDISGLSGNDMDVKKDIAARIDRACRGSGFFYAANHGVDLAALQKFT
IPNS_PENCH --MASTPKANVPKIDVSPLFGDNMEEKMKVARAIDAASRDTGFFYAVNHGVDVKRLSNKT
IPNS_CEPAC MGSVPVPVANVPRIDVSPLFGDDKEKKLEVARAIDAASRDTGFFYAVNHGVDLPWLSRET
*.** **:* * *.: . * :* *: *.* :***** :**:*: *. .

IPNS_STRJU NEFHRNMSDQEKHDLAINAYNKDNP-HVRNGYYKAIKGKKAVESFCYLNPSFSDDHPMIK
IPNS_STRGR NEFHRTMTDEEKYDLAINAYNKNNP-RTRNGYYMAVKGKKAVESWCYLNPSFSEDHPQIR
IPNS_FLASS TDWHMAMSAEEKWELAIRAYNPANP-RNRNGYYMAVEGKKANESFCYLNPSFDADHATIK
IPNS_PENCH REFHFSITDEEKWDLAIRAYNKEHQDQIRAGYYLSIPEKKAVESFCYLNPNFKPDHPLIQ
IPNS_CEPAC NKFHMSITDEEKWQLAIRAYNKEHESQIRAGYYLPIPGKKAVESFCYLNPSFSPDHPRIK
.:* :: :** :***.*** : : * *** .: *** **:*****.*. **. *:


Выходной файл: aln format

http://www.ebi.ac.uk/help/formats.html

форматы

Слайд 6

ClustalW - результат

Слайд 7http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/

Слайд 8Step 1

Слайд 9Step 2

Слайд 10Step 2 cont…

Слайд 17Статистика выравнивания

Слайд 18Таблица

Слайд 19Задание на дом
Провести выравнивание последовательностей из файла
(Muscle)

Дать статистику выравнивания: описать, какие

белки имеют
большее сходство (по результатам таблицы).


Найти участки консервативные (глазами и руками☺)


Слайд 20Поиск консервативных участков глазами и руками☺



«*» - строго одна и та

же ак у всех последовательностей;
« . » - замена ак из одной функциональной категории
« : » - замена ак из разных функциональных категорий




Слайд 21Система оценки - белки

Слайд 22Задание на дом
Провести выравнивание последовательностей из файла
(Muscle)

Дать статистику выравнивания:


Найти участки

консервативные (глазами и руками☺)

Построить LOGO консервативных участков (Weblogo)
(не менее трех участков, а лучше все, какие найдете.

Слайд 23Задание на дом
Провести выравнивание последовательностей из файла
с использованием других программ:
T-coffee
ClustalW
ProbCons

Сравнить результаты

выравнивания последовательностей
разными программами (есть ли отличия – сделать
и описать скриншоты вырваниваний)


Слайд 24Программы на http://www.expasy.org/tools/

Слайд 25Построение Logo Weblogo –
http://weblogo.berkeley.edu/

Слайд 261 этап – определяем консервативный участок

Слайд 272 этап – выбираем общее выравнивание этого участка
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPL
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPI
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF
GTFWYHSHFGTQYCDGLRGPM
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPF
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPM
GTYWYHSHLATQYCDGLRGPL
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGAM
GTFWYHSHLSTQYCDGLRGPM

Слайд 283 этап – запускаем WebLogo

Слайд 294 этап – последовательности вставляем в окно

Слайд 304 этап – последовательности вставляем в окно

Слайд 315 этап – создание Logo

Слайд 326 этап – готовый Logo

Слайд 33Можно поиграть с настройками (при желании☺)

Слайд 34Задание на дом
Провести выравнивание последовательностей из файла
(разные программы Muscle, T-coffee, ClustalW,

ProbCons)
Сравнить результаты выравнивания,
полученные разными программами
Сделать отдельный файл (Word) с результатами
выравнивания Muscle
Описать результат (выделить области, имеющие
идентичность и сходство, где они локализованы)
Дать статистику выравнивания: описать, какие белки имеют
большее сходство (по результатам таблицы).
Построить LOGO консервативных участков (Weblogo)
(не менее трех участков, а лучше все, какие найдете.

Высылаете 2 файла – один в Word с результатами
выравнивания Muscle; второй – в ppt – остальные результаты


Похожие презентации

Множительное и демонстрационное оборудование. (Практическая работа 7) 229
Проектирование на базе программно-технического комплекса АРС 283
Новые возможности в человекомашинном интерфейсе. (Лекция 1) 345
Стандарты защищенности ОС. (Лекция 14) 423
Персональный компьютер 370
Заманауи технологиялар және олардың мүмкіндіктері 832

Обратная связь

Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое ThePresentation.ru?

Это сайт презентаций, докладов, проектов, шаблонов в формате PowerPoint. Мы помогаем школьникам, студентам, учителям, преподавателям хранить и обмениваться учебными материалами с другими пользователями.

Для правообладателей

Яндекс.Метрика