Презентация на тему Создание библиотек и подготовка матрицы

Презентация на тему Создание библиотек и подготовка матрицы, предмет презентации: Биология. Этот материал содержит 78 слайдов. Красочные слайды и илюстрации помогут Вам заинтересовать свою аудиторию. Для просмотра воспользуйтесь проигрывателем, если материал оказался полезным для Вас - поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте наш сайт презентаций ThePresentation.ru в закладки!

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1
Текст слайда:

«Агентство Химэксперт»

Создание библиотек и подготовка матрицы
Варианты приготовления библиотеки для секвенирования (химия процесса, наборы Ion Xpress™ Plus, Thermo Scientific® MuSeek™, Ion TrueMate™, Ion Total RNA-Seq).
Подготовка матрицы (эммульсионная ПЦР, химия процесса).
Устройство и работа систем пробоподготовки OneTouch2 ™ и Ion Chef ™


Слайд 2
Текст слайда:

Полная схема процесса


Слайд 3
Текст слайда:

Создание библиотек

Библиотека фрагментов ДНК (Fragment Library)
Ion Xpress™ Plus Library Kit (Ферментативная фрагментация)
Thermo Scientific® MuSeek™ DNA Fragment Library Kit (Фрагментация с лигированием адапторов)
Библиотека ампликонов (Amplicon Library)
Ion Plus Fragment Library Kit
Ion Xpress™ Plus Library Kit
AmpliSeq™ библиотеки ДНК и РНК (AmpliSeq™ DNA and RNA Library)
Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0
Ion AmpliSeq™ RNA Library Kit
РНК (кДНК) библиотеки (RNA-Seq Library)
Ion Total RNA-Seq Kit v2
Библиотека «16S Metagenomics» (16S Metagenomics Library)
Ion 16S™ Metagenomics Kit
Ion Plus Fragment Library Kit
Target-Seq библиотеки (Target-Seq Library)
Ion TargetSeq™ Custom Enrichment Kits
Библиотека «спаренных концов» (Mate Pair Library)
Ion TrueMate™ Library Preparation


Слайд 4
Текст слайда:

Создание библиотек

Библиотека фрагментов ДНК (Fragment Library)
Ion Xpress™ Plus Library Kit (Ферментативная фрагментация)
Thermo Scientific® MuSeek™ DNA Fragment Library Kit (Фрагментация с лигированием адапторов)

Библиотека ампликонов (Amplicon Library)
Ion Plus Fragment Library Kit
Ion Xpress™ Plus Library Kit
AmpliSeq™ библиотеки ДНК и РНК (AmpliSeq™ DNA and RNA Library)
Ion AmpliSeq™ Library Kit 2.0
Ion AmpliSeq™ RNA Library Kit
РНК (кДНК) библиотеки (RNA-Seq Library)
Ion Total RNA-Seq Kit v2
Библиотека «16S Metagenomics» (16S Metagenomics Library)
Ion 16S™ Metagenomics Kit
Ion Plus Fragment Library Kit
Target-Seq библиотеки (Target-Seq Library)
Ion TargetSeq™ Custom Enrichment Kits
Библиотека «спаренных концов» (Mate Pair Library)
Ion TrueMate™ Library Preparation


Слайд 5
Текст слайда:

Pub. no. MAN0007210 Rev. 4.0 Date: 30 May 2013 Decision


Слайд 6
Текст слайда:

Создание библиотеки: Ion Xpress™ Plus Library Kit

Прост в использовании, совместим с баркодами,

2 часа работы

Ion Shear® - ферментативная фрагментация ДНК

Необходимо 50-100 нг либо 1 мкг ДНК


Слайд 7
Текст слайда:

Фрагментирование ДНК при помощи комплекса транспозаз, присоединение 50 bp инвертированных повторов на оба конца, затем ПЦР на адапторах для последующего секвенирования

Преимущество метода - в сочетании фрагментации с лигированием адапторов
Время постановки сопоставимо с Ion Xpress™

Необходимо небольшое количество ДНК (50 нг)

Создание библиотеки: Thermo Scientific® MuSeek™ DNA Fragment Library Kit

75 кДа MuA транспозаза – белок бактериофага Mu. Формирует гомотетрамерный комплекс с двумя 50-bp двуцепочечными транспозонными последовательностями, содержащими сайт связывания с MuA.


Слайд 8
Текст слайда:

1–5 мкг гДНК для 3-kb вставок,
10–20 мкг гДНК для 10-kb вставок

Image Courtesy http://senayoohoo.wordpress.com/

Создание библиотеки: Mate Pair Library Preparation for Scaffolding of Genomes

Секвенирование спаренных концов (Mate Pair Sequencing) позволяет секвенировать две последовательности, располагающиеся в геноме на расстоянии до 10 000 нуклеотидов друг от друга, как единое целое.

de novo секвенирование,
поиск мутаций,
корректная сборка генома


Слайд 9
Текст слайда:

Создание библиотеки: Ion TrueMate™ Library Preparation Workflow

This is a schematic summarizing Ion TrueMate™ Library construction workflow and expected sequence context of resulting 400 bp fragments used for templating and Ion PGM™ sequencing.

10 reactions 


Слайд 10
Текст слайда:

Ion TrueMate Kit’s True Pair Rates of >95% give better assemblies

Key Performance Metrics:
Construction of “true” mate-pair libraries
Demonstrated performance of 60% pairs at >95% true pair rate

Produces LMP libraries with 2-8 kb inserts at true-pair rates

gDNA input from 2-10ug total

<8 kb protocol does not require the use of agarose gels (“gel-free”)

Launched Q3 2014


Слайд 11
Текст слайда:

Long Mate Pairs Bridge Gaps in Sequencing Data

contig

contig

contig

Frags

Mates


Слайд 12
Текст слайда:

Ion AmpliSeq™ для приготовления библиотек

Смесь
праймеров

Ультра-мультиплексная ПЦР

Удаление праймеров

Лигирование адаптеров

Нормализация библиотеки


Слайд 13
Текст слайда:

Набор Ion Total RNA-Seq Kit V2.0

Библиотека за 6 часов

Единый набор для получения ориентированной библиотеки кДНК для любых видов РНК

Рекомендации:

1–500 нг поли(А) РНК,
10–500 нг тотальной РНК без рРНК
Тотальная РНК высокого качества (RIN >7)

Ion Total RNA-Seq Kit v2 Publication Number 4476286 Revision E © 2013 Life Technologies Corporation

Может использоваться для анализа как коротких РНК, так и полного набора транскриптов в клетке (транскриптома).


Слайд 14
Текст слайда:

Ligase-Enhanced Genome Detection (LEGenD)

Двуцепочечные гетеродуплексные РНК/ДНК-адаптеры специфично присоединятся к 3’- и 5’-концам РНК за одну реакцию лигирования

В реакцию вступает одна цепь адаптера, причем только с одним из концов молекулы

Направленное и одновременное присоединение адаптеров РНК-лигазой. LEGenD™ Ligase Mix – высокоэффективный фермент, специфически распознающий двуцепочечные молекулы.

кДНК синтезируется с отдельного праймера, комплиментарного 3’-адаптеру


Слайд 15
Текст слайда:

OH

P

P

OH

NNNNNN

3’ DNA
adaptor

3’ ‘guide’ adaptor (3’ blocked)

12,14,16 nts

Единый набор для получения ориентированной библиотеки кДНК для любых видов РНК


Слайд 16
Текст слайда:

H2O
+
Reagent mix
+
Ion Sphere™ Particles
+
ДНК
+
Реакционное масло

DNA

A

Sequencing

D

Template Prep

C

Compatible Library Prep

B

Compatible FASTQ Data

E

Приготовление матрицы


Слайд 17
Текст слайда:

+

ePCR Primers

B-P1

Что проиходит в каждой капле?

A

Biotin

Ion Spheres


Слайд 18
Текст слайда:

A

P1’

P1

A’

Ion Spheres

ePCR Primers

B-P1

Денатурация

A

Biotin


Слайд 19
Текст слайда:

A

Biotin

P1’

A

B-P1

Отжиг праймера B-P1 на P1’


Слайд 20
Текст слайда:

A

Biotin

Достраивание праймера

P1’

A

B-P1


Слайд 21
Текст слайда:

A

Biotin

A’

Получен фрагмент (B-P1-Template-A’)

P1’

A

B-P1


Слайд 22
Текст слайда:

P1’

A

B-P1

A

Biotin

A’

Денатурация


Слайд 23
Текст слайда:

B-P1

A

Biotin

A’

Биотинилированный праймер A отжигается на адапторе A’


Слайд 24
Текст слайда:

B-P1

A

Biotin

Достраивание праймера

A’


Слайд 25
Текст слайда:

B-P1

Biotin

B’-P1’

Получен фрагмент (B’-P1’-Template-A-Biotin)

A’

A


Слайд 26
Текст слайда:

B-P1

A’

Денатурация

Biotin

B’-P1’

A


Слайд 27
Текст слайда:

B

Ion Sphere covered in B primers

Денатурация

Biotin

B’-P1’

A


Слайд 28
Текст слайда:

B

Ion Sphere covered in B primers

Фрагмент (B’-P1’-Template-A-Biotin) отжигается на праймер B, связанный со сферой Ion Spheres

Biotin

B’-P1’

A


Слайд 29
Текст слайда:

Ion Sphere covered in B primers

Достраивание праймера

B

Biotin

B’-P1’

A


Слайд 30
Текст слайда:

Ion Sphere covered in B primers

Достраивание праймера

B

Biotin

B’-P1’

A


Слайд 31
Текст слайда:

Ion Sphere covered in B primers

A’

Фрагмент (B-P1-Template-A’) связан со сферой

B

Biotin

B’-P1’

A


Слайд 32
Текст слайда:

Ion Sphere covered in B extended primers

B-P1

Ion Spheres покрываются клонально
амплифицированным фрагментом (B-P1-template-A’)

A’

Biotin

B’-P1’

A


Слайд 33
Текст слайда:

Устройство OneTouch 2


Слайд 34
Текст слайда:

Система Ion OneTouch™ 2 System OneTouch™ 2 Instrument и Enrichment System

Простая в использовании, настольная система, позволяющая автоматизировать создание субстрата (матрицы)
Минуты ручной работы
Интегрированы элемент Пельтье для термоциклирования, насос, а также сменная одноразовая линия провода образца
Поддержка матриц длиной в 200-400 п.н. для секвенировании на Ion PGM™
Поддержка матриц длиной в 200 п.н. для секвенировании на Ion Proton™


Слайд 35
Текст слайда:

Простой автоматизированный рабочий процесс

OneTouch Instrument

OneTouch ES


Слайд 36
Текст слайда:

Устройство системы OneTouch


Слайд 37

Слайд 38
Текст слайда:

OneTouch в разобранном виде


Слайд 39
Текст слайда:

OneTouch в разобранном виде


Слайд 40
Текст слайда:

OneTouch. Ход рабочего процесса.


Слайд 41
Текст слайда:

OneTouch. Внешний вид расходных материалов.


Слайд 42
Текст слайда:

OneTouch. Вид центрифуги сверху (с открытой крышкой)


Слайд 43
Текст слайда:

Приготовление матрицы

Confidential and Proprietary -- Do Not Duplicate

Продукты эмульсионной ПЦР:
Моноклональные ISPs
Поликлональные ISPs
Пустые сферы

DNA

A

Sequencing

D

Template Prep

C

Compatible Library Prep

B

Compatible FASTQ Data

E


Слайд 44
Текст слайда:

Подготовка матрицы

По окончании процесса проводится сбор всех ионосфер:
1. Моноклональные ISPs
2. Поликлональные ISPs
3. Пустые ISPs


Слайд 45
Текст слайда:

Проверка качества приготовления матрицы

Кат.ном.: 4468656 - Ion Sphere™ Quality Control Kit
(20 quality control measurements)


Слайд 46
Текст слайда:

Проверка качества матрицы. Рабочий процесс.


Слайд 47
Текст слайда:

Механизм процедуры обогащения


Слайд 48
Текст слайда:

Смысл процедуры обогащения

По окончании процедуры обогащения собираются все ионосферы, несущие матрицу:
1. Моноклональные
2. Поликлональные

(пустые сферы удаляются)


Слайд 49
Текст слайда:

Опции после проведения сбора матрицы


Слайд 50
Текст слайда:

Устройство OneTouch ES


Слайд 51
Текст слайда:

Автоматизированная технология обогащения

Биотинилированная матрица на ISP

Частицы MyOne со стрептавидином

ISP без матрицы


Слайд 52
Текст слайда:

Суммирование хода рабочего процесса при использовании OneTouch

Biotinylated Template + ISP

MyOne Bead + Streptavidin

Non-Templated ISP


Слайд 53
Текст слайда:

Ion Chef™

«Агентство Химэксперт»

Next-generation sequencing


Слайд 54
Текст слайда:

Система Ion Chef™ Полностью автоматизированная пробоподготовка на единой платформе

15 минут ручной работы

Увеличивает воспроизводимость

Экономит рабочее время и усилия

Готовит чипы для систем Ion PGM™
и Ion Proton™

Эмульсификация, амплификация, отмывка микросфер с ДНК, обогащение, загрузка чипов.


Слайд 55
Текст слайда:

Настольная система Ion Chef Автоматизации приготовления матрицы и загрузки на чип

25 in / 63.5 cm

Наконечники

Загрузчик
чипов

Модуль для
промывки

Термо-
циклер

Холодильник
для реактивов

25 in / 63.5 cm

22 in / 55.9 cm

Обогощение


Слайд 56
Текст слайда:

Solution Cartridge Ambient Station

Reagent Cartridge Cold Station

New tip rack

Used tip rack.

Enrichment module

Tube centrifuges for ISP recovery and washing

Thermal cycler

Рабочий стол

Thermal cycler lid

Chip centrifuge


Слайд 57
Текст слайда:

Перед запуском системы Ion Chef

Трэкинг образцов и проверка перед запуском:
Система Microscan Vision (камера и сканер баркодов)

Возможность трэкинга образцов
Чипы с баркодами, образцы библиотек

Проверка запуска
Скан всех блоков для проверки правильности настроек



Слайд 58
Текст слайда:

Очистка после запуска


Удаление загруженных чипов

Удаление пластика

Камера Microscan™ сканирует поверхность после очистки

UV-освещение между запусками для устранения опасности контаминации


Слайд 59
Текст слайда:

Сконструирован для поддержки чистоты внутри

Ламинарный поток для изоляции «грязных» и «чистых» зон
Одноразовые расходные материалы
Запечатанные плашки для амплификации и закрытые картриджи и центрифуга (для удержания аэрозолей)
UV-радиация для деконтаминации


Слайд 60
Текст слайда:

Привычный графический интерфейс

Основанный на интерфейсе систем PGM™, Proton™ и OneTouch2™


Слайд 61
Текст слайда:

Ion Chef™: приготовление библиотек и нанесение на чип


Слайд 62

Слайд 63

Слайд 64

Слайд 65

Слайд 66

Слайд 67

Слайд 68

Слайд 69

Слайд 70
Текст слайда:

Bead emulsion nucleic acid amplification (US 8765380 B2)

Disclosed are methods for nucleic acid amplification wherein nucleic acid templates, beads, and amplification reaction solution are emulsified and the nucleic acid templates are amplified to provide clonal copies of the nucleic acid templates attached to the beads. Also disclosed are kits and apparatuses for performing the methods of the invention.

FIG. 1 Schematic of the structure of a DNA capture bead

http://www.google.com/patents/US8765380


Слайд 71
Текст слайда:

Bead emulsion nucleic acid amplification (US 8765380 B2)

The following experiment was performed to test the efficacy of the bead emulsion PCR. For this protocol, 600,000 Sepharose beads, with an average diameter of 25-35 μm (as supplied my the manufacturer) were covalently attached to capture primers at a ratio of 30-50 million copies per bead. The beads with covalently attached capture primers were mixed with 1.2 million copies of single stranded Adenovirus Library. The library constructs included a sequence that was complimentary to the capture primer on the beads.

FIG. 1 Schematic of the structure of a DNA capture bead

http://www.google.com/patents/US8765380


Слайд 72
Текст слайда:

Bead emulsion nucleic acid amplification (US 8765380 B2)

FIGS. 8A-8C Schematic showing the initial stages of bead emulsion amplification used in conjunction with double ended sequencing. The NHS-activated bead (FIG. 8A) is attached with capture primers (FIG. 8B), and encapsulated in a microreactor comprising the DNA capture bead and template (FIG. 8C).


Слайд 73
Текст слайда:

Bead emulsion nucleic acid amplification (US 8765380 B2)

FIG. 9 Schematic showing the amplification and capture stages of bead emulsion amplification used in conjunction with double ended sequencing. The template is amplified by solution phase PCR and the amplification products are attached to the DNA capture bead.


Слайд 74
Текст слайда:

Bead emulsion nucleic acid amplification (US 8765380 B2)

FIG. 10 Schematic showing the later stages of bead emulsion amplification used in conjunction with double ended sequencing. The emulsion is broken down (FIGS. 10A-10B), the second strand of the amplification product is removed and enrichment is used to maximize the number of beads bound with amplification product (FIG. 10C), the sequencing primers are annealed (FIG. 10D), and the first strand is sequenced (FIG. 10E), followed by the second strand.


Слайд 75
Текст слайда:

CMOS:

http://www.google.com/patents/US20140264660

http://pdfaiw.uspto.gov/.aiw?docid=20140264660&PageNum=1&&IDKey=3DB835E9F4FC&HomeUrl=http://appft.uspto.gov/netacgi/nph-Parser?Sect1=PTO1%2526Sect2=HITOFF%2526d=PG01%2526p=1%2526u=/netahtml/PTO/srchnum.html%2526r=1%2526f=G%2526l=50%2526s1=20140264660.PGNR.%2526OS=%2526RS=

http://www.google.com/patents/US20140217478


Слайд 76
Текст слайда:

Прибор:



https://www.google.com/patents/WO2010138188A1?cl=en&dq=inassignee:%22Ion+Torrent+Systems+Incorporated%22&hl=en&sa=X&ei=CegrVLOMBKa_ygPog4LADw&ved=0CBwQ6AEwADgK

http://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/originalDocument;jsessionid=F5959A1958F32E2A712C1E25EBC3D03D.espacenet_levelx_prod_0?CC=WO&NR=2010138188A1&KC=A1&FT=D&ND=&date=20101202&DB=&&locale=en_EP


Слайд 77
Текст слайда:

System and Methods for Making and Processing Emulsions
(US 20120258516 A1)

https://www.google.com/patents/US20120258516?dq=Bead+emulsion+nucleic+acid+OneTouch&hl=en&sa=X&ei=y-0rVJeJK8fXyQPOjoCIBA&ved=0CCYQ6AEwAQ


Слайд 78
Текст слайда:

Methods and compositions for multiplex PCR

https://www.google.com/patents/US20130059762?dq=inassignee:%22Life+Technologies+Corporation%22+AmpliSeq&hl=en&sa=X&ei=OvYrVJD7EoKhyAPT94DoBg&ved=0CEAQ6AEwBQ


Обратная связь

Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое ThePresentation.ru?

Это сайт презентаций, докладов, проектов, шаблонов в формате PowerPoint. Мы помогаем школьникам, студентам, учителям, преподавателям хранить и обмениваться учебными материалами с другими пользователями.


Для правообладателей

Яндекс.Метрика