Методы типирования презентация

Содержание

1. Методы типирования
2. Саузерн-блоттинг
3. Саузерн-блоттинг
4. Саузерн-блоттинг
10. Саузерн-блоттинг
11. Саузерн-блоттинг
12. Саузерн-блоттинг
13. Макрорестрикционный анализ, Электрофорез в пульсирующем поле (PFGE)
14. Макрорестрикционный анализ, Электрофорез в пульсирующем поле (PFGE)
15. Макрорестрикционный анализ, Электрофорез в пульсирующем поле Assignment
16. RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)
17. RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)
18. RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)
19. RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)
20. Подбор праймеров, специфичных к участкам гена dnaA
21. Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ Семейство Xanthomonadaceae Профили
22. Семейство Xanthomonadaceae Профили фрагментов рестрикции амплификата гена
24. AFLP – amplified fragment length polymorphism
25. AFLP – amplified fragment length polymorphism
26. AFLP – amplified fragment length polymorphism
27. RAPD – random amplified polymorphic DNA
28. RAPD – random amplified polymorphic DNA
29. RAPD – random amplified polymorphic DNA RAPD profiles of Bacillus isolates
30. REP-PCR
32. REP-PCR
33. REP-PCR
34. Типирование методом амплификации локусов, содержащих CRISPR-элементы (CRISPR —
35. VNTR (MLVA – multiple-locus variable tandem repeat analysis)
36. Alignment of Lpms37 repeats and flanking sequences
38. Методы генотипирования микроорганизмов
39. PLFA: Phospholipid Fatty Acid
40. DGGE: Denaturing Gradient Gel Electrophoresis
41. T-RFLP: Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism

Саузерн-блоттинг

Слайд 1Методы типирования

Слайд 2Саузерн-блоттинг

Слайд 3Саузерн-блоттинг

Слайд 4Саузерн-блоттинг

Слайд 10Саузерн-блоттинг

Слайд 11Саузерн-блоттинг

Слайд 12Саузерн-блоттинг

Слайд 13Макрорестрикционный анализ,
Электрофорез в пульсирующем поле (PFGE)

Слайд 14Макрорестрикционный анализ,
Электрофорез в пульсирующем поле (PFGE)

Слайд 15Макрорестрикционный анализ,
Электрофорез в пульсирующем поле
Assignment of Staphylococcus Isolates to Groups by

spa Typing, SmaI Macrorestriction Analysis, and Multilocus Sequence Typing

J. Clin. Microbiol. July 2006 vol. 44 no. 7 2533-2540

Слайд 16RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

Слайд 17RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

Слайд 18RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

Слайд 19RFLP (ПДРФ – полиморфизм длин рестрикционных фрагментов)

Слайд 20Подбор праймеров, специфичных к участкам гена dnaA
Примечание:
В скобках указан номер нуклеотида

в последовательности гена, соответствующий началу и концу представленного участка
Праймеры:
Xnf 5′-ATGGA(T/A)(G/T)C(T/C)TGG(C/T)CCCG-3′, Тm = 56 ºС
Xnr 5′-CGGCA(G/A)GC(A/G)TG(C/T)A(G/A)CAC-3′, Тm = 58 ºС

Семейство Xanthomonadaceae

Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ

Слайд 21Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ
Семейство Xanthomonadaceae
Профили фрагментов рестрикции амплификата гена dnaA
С

использованием рестриктазы Aat2

С использованием рестриктазы Bgl1

Дорожки 1 – 16 – ПДРФ профили фрагмента гена dnaA микроорганизмов сем. Xanthomonadaceae
1 – Pseudoxanthomonas suwonensis 11-1; 2 – Stenotrophomonas maltophilia K279a; 3 – Stenotrophomonas maltophilia R551-3; 4 – Xanthomonas albilineans GPE PC73; 5 – Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306;
6 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004; 7 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913;
8 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100; 9 – Xanthomonas campestris pv. vesicatoria str. 85-10;
10 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331; 11 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018;
12 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A; 13 – Xylella fastidiosa 9a5c; 14 – Xylella fastidiosa M12;
15 – Xylella fastidiosa M23; 16 – Xylella fastidiosa Temecula1; М – Маркер молекулярной массы

Слайд 22Семейство Xanthomonadaceae
Профили фрагментов рестрикции амплификата гена dnaA
С использованием рестриктазы Sac1
Дорожки

1 – 16 – ПДРФ профили фрагмента гена dnaA микроорганизмов сем. Xanthomonadaceae
1 – Pseudoxanthomonas suwonensis 11-1; 2 – Stenotrophomonas maltophilia K279a; 3 – Stenotrophomonas maltophilia R551-3; 4 – Xanthomonas albilineans GPE PC73; 5 – Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306;
6 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004; 7 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913;
8 – Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100; 9 – Xanthomonas campestris pv. vesicatoria str. 85-10;
10 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331; 11 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018;
12 – Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A; 13 – Xylella fastidiosa 9a5c; 14 – Xylella fastidiosa M12;
15 – Xylella fastidiosa M23; 16 – Xylella fastidiosa Temecula1; М – Маркер молекулярной массы

Типирование методом локус-специфичной ПЦР-ПДРФ

Слайд 23

Слайд 24AFLP – amplified fragment length polymorphism

Слайд 25AFLP – amplified fragment length polymorphism

Слайд 26AFLP – amplified fragment length polymorphism

Слайд 27RAPD – random amplified polymorphic DNA

Слайд 28RAPD – random amplified polymorphic DNA

Слайд 29RAPD – random amplified polymorphic DNA
RAPD profiles of Bacillus isolates

Слайд 30REP-PCR

Слайд 31

Слайд 32REP-PCR

Слайд 33REP-PCR

Слайд 34Типирование методом амплификации локусов, содержащих CRISPR-элементы
(CRISPR — Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic

Repeats)

Структура CRISPR-повторов в геноме Xanthomonas anoxypoda

Слайд 35VNTR (MLVA – multiple-locus variable tandem repeat analysis)

Слайд 36Alignment of Lpms37 repeats and flanking sequences in the three reference

strains and three unrelated isolates using ClustalW.

Christine Pourcel et al. J. Clin. Microbiol. 2007;45:1190-1199

Слайд 37

Слайд 38Методы генотипирования микроорганизмов

Слайд 39PLFA: Phospholipid Fatty Acid

Слайд 40DGGE: Denaturing Gradient Gel Electrophoresis

Слайд 41T-RFLP: Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism

Скачать презентацию