Броуновская Динамика (BD)
Сентябрь, 2006
Научный Университет Токио, Тадаси Андо
Сентябрь, 2006
Научный Университет Токио, Тадаси Андо
С середины прошлого столетия на этот вопрос еще не дан ответ
Конечная трехмерная форма белка зависит от уровня минимальной свободной энергии системы «белок – растворитель». (Постулат Анфинсена)
…, позвольте мне пересказать диалог с Фрэнсисом в 1975 (который получил Нобелевскую премию за открытие структуры ДНК). Крик (Crick) утверждал, что «очень сложно предположить научную проблему, которая не будет решена за следующие 20 лет … кроме модели работы мозга и процесса самоорганизации белка". Хотя Крик был более заинтересован в функциях мозга, он отметил обе проблемы, потому что они являются сложными из-за того, что в них участвует масса взаимодействий в трехмерном пространстве.
(Levitt M, “Through the breach.” Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 1, 193-194)
(1)
(3)
(2)
(4a)
(4b)
(6)
(5)
Энергия сжатия-растяжения связи
Межплоскостное взаимодействие
Угловое взаимодействие
r
Φ
Θ
r
r
r
Самая тяжелая расчетная часть.
Кол-во атомов: 304 + 7,377 = 7,681
Все еще трудно моделировать весь процесс самоорганизации (сворачивание) белка, используя традиционный MD метод.
Образование α-спирали
Образование β-шпильки
Самоорганизация белка
(7)
(9)
(8)
Вычислительное время, необходимое для моделирования 1 нсек изменений полипептида
0
300
200
100
400
0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
0
300
200
100
400
0
0.2
0.4
0.6
0.8
1.0
Образование α-спирали
Образование β-шпильки
Самоорганизация белка
MD
Сжатие связи
Прохождение иона по ионному каналу
Упругие колебания белка
Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:
Email: Нажмите что бы посмотреть