Структурные единицы белков Основные понятия Структурные мотивы Топология Архитектура. презентация

Содержание

Структурные единицы белков Основные понятия

Слайд 2Структурные единицы белков
Основные понятия

Слайд 3Структурные мотивы
Топология
Архитектура

Слайд 4Структурный мотив это
набор сходно расположенных в пространстве
элементов вторичной структуры,


обнаруживаемый в пространственных структурах
многих, не обязательно гомологичных, белков.

Некоторым структурным мотивам приписывается
определенная функциональная или структурная
роль в белке.

Слайд 5 Часто встречающиеся структурные мотивы
Бета-структурные
бета-шпилька
греческий ключ
рулет
меандр
интерлок
Смешанные альфа-бета
- бета-альфа-бета
Альфа-спиральные
- шпилька альфа-спиралей
- спираль-поворот-спираль
-

лейциновая молния
- 3х-спиральный узел
- пучок параллельных спиралей

Слайд 6Бета-шпилька (beta hairpin)
Вопрос. Различаются ли правая и левая
шпильки?

Слайд 7
Греческий ключ
Один бета-лист
Один или два бета-листа
Меандр
Меандр – река в Малой Азии
Греческий

ключ - узор

Слайд 8Два греческих ключа в структуре

Слайд 9Рулет (jellyroll)
Рулет

Слайд 11Интерлок (interlock, зацепление)

Слайд 12
(1) Strands 1 and 3 are antiparallel neighbors in a sheet
(2)

Strands 2 and 4 are antiparallel
neighbors in a sheet

(3) No strands of either sheet A
or sheet B are contained in links connecting Strands 1 and 2 and Strands 3 and 4 resp.

Интерлок

Вопрос. Различаются ли правый и левый интерлоки?

Слайд 13Бета-альфа-бета
Смешанные
Левосторонний
(редкий)
Правосторонний

Слайд 14Альфа-спиральные
Контакты альфа-спиралей разнообразны (нет универсальных взаимодействий типа водородных связей между тяжами)

Поэтому спиральные элементы супервторичной структуры и структурные мотивы плохо определены.

Шпилька из альфа-спиралей

Вопрос. Что значит “плохо определены”?

Слайд 15
Мотив спираль-поворот-спираль
(helix-turn-helix, HTH)
Трехспиральный узед

Слайд 16HTH мотив вписан в глобулу, обычно образованную тремя или четырьмя спиралями
Трехспиральный

узел: гомеодомены Mata1-Matalpha2

Четырехспиральный узел: лямбда-реппрессор из фага лямбда

Слайд 17Четырехспиральный узел 2cro

Слайд 18Структурный мотив “лейциновая молния”
Встречается и в фибриллярных, и в глобулярных

белках, чаще всего – факторах транскрипции.

В факторах транскрипции играет две роли одновременно:
(1) димеризация; (2) узнавание определенной последовательности ДНК и связывание фактора с ней (“специфическое узнавание ДНК”)

Слайд 19Как лейциновая молния (Leucine zipper) проявляется в структуре?
Показаны каждый 7й
остаток цепей

A и B;
Leu - зеленые (A) и
темнозеленые (B)

Лейциновая молния
PDB код 1ci6

Слайд 20Спирализованная спираль проявляется в последовательности периодичностью. Например, иногда - лейциновой молнией
Белок

SCP1 из синаптонемного комплекса – тоже coiled coil

Слайд 21Большая бороздка
Малая бороздка
Большая бороздка
Сахарофосфатный остов ‘прямой’ цепи
Сахарофосфатный остов ‘обратной’

цепи

5’

5’

3’

3’

Вот что нужно узнавать!

Слайд 22Вот как расположены домены ‘лейциновая молния’ при связывании ДНК
1NWQ: транскрипционный фактор
CCAAT/enhancer-binding

protein (C/EBPs) крысы

Слайд 23Мотивы в “периодических” структурах
Спирализованная спираль (Coiled coil) (миозин, альфа-кератин)
Тройная спираль (коллаген)
Бета-спираль

(beta-helix, beta-prism) (фиброин паутины)

Слайд 24Миозин – фибриллярный белок

Слайд 25Тропомиозин из сердечной мышцы кролика (это не миозин, но тоже двойная

спирализованная спираль - coiled coil)

PDB 2TMA. РСА, разрешение 15 ангстрем

Две параллельные альфа-спирали

Слайд 26Упражнение. Сколько остатков в полипептидной цепи, составляющей спирализованный хвост миозина (длина

его 150нм)?

Различные филаменты могут быть видны и измерены в
электронном микроскопе. Поэтому знание последовательности
белка и ее длины может помочь в идентификации его функции.

Пример: SCP1 (Ю.Ф. Богданов с соавт.2003). Предложенная модель:


Последовательность SCP1 состоит 976 aa

Слайд 27 Белки colied coil
1M1J: native chicken fibrinogen три параллельных спирали. 2.7Å
1QU7: E.coli

cytoplasmic domain
of a serine chemotaxis receptor.2.6Å
Четыре антипараллельных спирали

Слайд 28Тропоколлаген – тройная спираль
1BKV: синтетический
коллагеноподобный
белок с природной
последовательностью

PRO-HYP-
GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-ILE-THR-GLY-ALA-ARG-GLY-LEU-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-GLY-PRO-HYP-
=========
G-X-X

Слайд 29Тройная спираль удерживается регулярными водородными связями остовных атомов
Цепь A
Цепь C
Цепь B
i-я

тройка

(i+1)-я

i-я тройка:
Gly-Pro-Hyp
(i+1)-я:
Gly-Pro-Hyp

Слайд 30ПРАВИЛО:

Цепь A
Цепь C
Цепь B
Gly.N из (i+1)-й тройки цепи образует водородную связь

с Pro.O из i-й тройки следующей по стрелке цепи

Слайд 31Модель коллагена (5 цепей тропоколлагена)
Соседние
тропоколлагены
связаны водородными
связями
гидроксильных групп
гидроксипролина
с остовными
кислородами

Слайд 32Фиброин паутины – 2-бета-спираль
(beta helix or solenoid)

Слайд 333-бета-спираль. Содержит повторяющийся (несовершенный) гексапептид [LIV]-[GAED]-X2-[STAV]-X Такую структуру имеют т.н. “гексапептид

ацилтрансферазы”



Слайд 34Бета-призма I
VITELLINE from HEN
(1vmo)
Бета-призма II
LECTIN FROM SNOWDROP
(1jpc)

Слайд 35Тройная спираль.
Фибритин аденовируса,
сцепленный с похожим
белком бактериофага T4
(1v1h)

Похожие презентации

Апостола Дякона ЛЕВСКИ 195
часы ОБЩЕНИЯ 280
Методы 350
Интеллектуальная игра Членистоногие 212
Гимнастика для глаз 187
Природное сообщество пресного водоёма 249

Обратная связь

Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое ThePresentation.ru?

Это сайт презентаций, докладов, проектов, шаблонов в формате PowerPoint. Мы помогаем школьникам, студентам, учителям, преподавателям хранить и обмениваться учебными материалами с другими пользователями.

Для правообладателей

Яндекс.Метрика