Робота з кластером ІФКС презентация

графічною оболонкою Xwindows
Login: students
Password: simul123
startx - запуск Xwindows

Під’єднання до кластеру ІФКС через ssh протокол
ssh -X thunder або ssh -X students@thunder

Загальні команди Linux:
cd MATH - перехід у директорію MATH
ls або lt - показати список файлів у директорії
exit або x - вихід з кластеру
make name - компіляція фортранівської програми name.f
vi name.f - редактування файлу name.f
./name - запуск програми name на рахунок

команди:
Клавіша Esc - перехід у командний режим
dd - знищення строки; x - знищення букви
5dd - знищення 5 строк
:q! - вихід з редактора без збереження змін
:wq - вихід з редактора із збереженням змін
yy - копіювати в буфер одну лінійку
5yy - копіювати в буфер 5 лінійок
p - вставка скопійованої в буфер інформації
Перехід у режим редактування:
i - вставка перед курсором
a - вставка після курсору
R – режим заміщення
o – вставка нової стрічки
s5 – заміна 5 символів лаві

містить всі основні параметри МД
TABDAT - ASCII файл, що містить таблицю з потенціалами взаємодії
PADAT - BINARY файл, що містить координати та швидкості частинок з останньої конфігурації

Вихідні файли:

PAOUT - BINARY файл, що містить останню конфігурацію
REPORT - ASCII файл, що містить біжучу інформацію про МД
PDF - ASCII файл, що містить парні функції розподілу
TEDAT - ASCII файл, що містить миттєву температуру по кроках

PAOUT

PADAT

Продовження попередньої симуляції:

cpcp

генерування початкової конфігурації (kstart=0) !!!
500 частинок, однокомпонентна система, маса частинок 6.633629E-26 кг, густина 1419.89кг/м3, часовий крок 2фс, початкова температура 700К

0,0110 kstart,ktask
17500.
0,0,1
0,150 nt,nsmax
10,2,1 nbloc,kbloc,ngplot
700.,700.,660.,740. t0,tf,tmin,tmax
11.,20. pcdist,pcfein
500, 1, 0 npart,kra,krb
6.633629E-26, 6.633629E-26 m1,m2 (kg)
'Ar500','LJ ' type of pot., info
0.,.TRUE. lin cutoff, analytic force
1419.89,0.200E-14 density (kg/m^3), timestep (s)

kstart,ktask
17500.
0,0,1
1000,400 nt,nsmax
10,2,1 nbloc,kbloc,ngplot
700.,204.858,195.,715. to,tf,tmin,tmax
11,20. pcdist,pcfein

Другий етап: старт з існуючої у файлі PADAT конфігурації (kstart=1) !!!
Зміна температури з 700К до 204.858К у межах 195К-715К .
Перескалювання температури 400 разів кожних 10х2 кроків

Na-K
0.17800000E-08 0.17800000E-08 0.17800000E-08
890 763 819
0.12533300E-15 0.12549600E-15 0.12557400E-15
0.59050000E-16 0.59212800E-16 0.59290800E-16
0.37960000E-16 0.38122800E-16 0.38200700E-16
0.27415300E-16 0.27577900E-16 0.27655800E-16
0.21820400E-16 0.21982900E-16 0.22060800E-16
0.18001000E-16 0.18163300E-16 0.18241200E-16
.................................................

0.20000E-11 0.10000E-09
0.12000000E-08 0.12000000E-08 0.12000000E-08
600 600 600
0.41110769E+06 0.41110769E+06 0.41110769E+06
0.10036809E+03 0.10036809E+03 0.10036809E+03
0.77357161E+00 0.77357161E+00 0.77357161E+00
0.24503928E-01 0.24503928E-01 0.24503928E-01
0.16838978E-02 0.16838978E-02 0.16838978E-02
0.18886026E-03 0.18886026E-03 0.18886026E-03
0.29701539E-04 0.29701539E-04 0.29701539E-04
....................................................

Ar

Бінарна система

Однокомпонентна система