факультет МГУ им. М.В. Ломоносова,
Лаборатория химической кибернетики
- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Моделирование вертикальных электронных спектров биологических хромофоров в различном окружении презентация
Содержание
- 1. Моделирование вертикальных электронных спектров биологических хромофоров в различном окружении
- 2. Методы расчета – изолированные хромофоры
- 3. Комбинированные методы квантовой и молекулярной
- 4. Объекты исследования pCA- (PYP) pCT-
- 5. I. Результаты – газовая фаза pCA-
- 6. III. Родопсин Родопсин 498 нм
- 7. Влияние белкового окружения Ретиналь (белок) 616 нм
Методы расчета – изолированные хромофоры Равновесная геометрия основного состояния (PBE0/ (p-type daug)-cc-pvdz) Расчет энергии вертикального S0 – S1 перехода Расширенный
Слайд 1Моделирование вертикальных электронных спектров биологических хромофоров в различном окружении
Ксения Бравая
Химический
Слайд 2Методы расчета – изолированные хромофоры
Равновесная геометрия основного состояния
(PBE0/ (p-type daug)-cc-pvdz)
Расчет энергии
вертикального S0 – S1 перехода
Расширенный метод MCQDPT2 (aug-MCQDPT2) – построение эффективных гамильтонианов большой размерности
Техника построения эффективных гамильтонианов (MCQDPT2)
“state-specific” теория возмущений
(MRMP2)
МКССП (sa-CASSCF)
Слайд 3
Комбинированные методы квантовой и молекулярной механики (КМ/ММ)
Учет влияния окружения
Оптимизация геометрической
конфигурации в основном электронном состоянии
Метод внедренного кластера
(белковое окружение)
PBE0/cc-pvdz/AMBER
Метод потенциала эффективных фрагментов
(кластер молекул воды)
PBE0/cc-pvdz/EFP
Расчет энергий вертикальных S0-S1 переходов
Метод потенциала эффективных фрагментов
aug-MCQDPT2/cc-pvdz/EFP
Слайд 4Объекты исследования
pCA- (PYP)
pCT- (PYP)
PSBT (Родопсин)
HBDI (GFP)
HBDI (GFP)
HBDI- (GFP)
I.
Хромофоры в газовой фазе
II. 3-OH-кинуренин, аргпиримидин (раствор)
III. Родопсин (белковая матрица)
КМ: ~ 80 атомов
ММ: ~ 5000 атомов
Слайд 5I. Результаты – газовая фаза
pCA- (PYP)
pCT- (PYP)
PSBT (Родопсин)
HBDI-
HBDI+
HBDI
Энергии
вертикальных S0-S1 переходов, нм
Слайд 7Влияние белкового окружения
Ретиналь (белок) 616 нм
Ретиналь+противоион
388 нм
Родопсин:515 нм
противоион
поле окружения
геометрия
Ретиналь (газовая фаза)
600 нм
Перераспределение MCQDPT2 электронной плотности при S0-S1 переходе
