Презентация на тему Множественное выравнивание

Презентация на тему Множественное выравнивание, предмет презентации: Разное. Этот материал содержит 15 слайдов. Красочные слайды и илюстрации помогут Вам заинтересовать свою аудиторию. Для просмотра воспользуйтесь проигрывателем, если материал оказался полезным для Вас - поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте наш сайт презентаций ThePresentation.ru в закладки!

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1
Текст слайда:

Множественное выравнивание

С.А.Спирин, весна 2011


Слайд 2
Текст слайда:

Множественное выравнивание

… это то же, что парное, только последовательностей сколько угодно ☺


Слайд 3
Текст слайда:


Для чего строят множественные выравнивания?

позволяет оценить эволюционные отношения

Построение множественных выравниваний — необходимый этап решения многих задач молекулярной биологии

поиск
активного
центра


Слайд 4
Текст слайда:

Множественное выравнивание гомеодоменов


Красным выделены консервативные (одинаковые у всех) остатки;
желтым – на 80% консервативные (одинаковые почти у всех) остатки

Красным выделены консервативные и функционально консервативные остатки


Слайд 5
Текст слайда:

Биологический смысл

Тот же, что у парного: сопоставляемые остатки разных белков должны:
иметь общее происхождение;
выполнять аналогичную функцию;
одинаково располагаться в пространстве.

Множественное выравнивание последовательностей использует больше информации, чем парное, поэтому (теоретически) должно в среднем чаще получаться биологически осмысленным.


Слайд 6
Текст слайда:


Парное и множественное выравнивание



Любое множественное выравнивание порождает набор
парных выравниваний

2. Не любой набор парных выравниваний можно просто
"сложить" во множественное выравнивание.

Пример:

P1 ALGTEEIC-
P2 ALGT--IAA
+ P1 AL-GTEEI-C
P1 AL-GTEEI-C P2 AL-GT--IAA
P3 ALVGTE-IAC P3 ALVGTE-IAC
+
P2 AL-GT-IAA
P3 ALVGTEIAC



Слайд 7
Текст слайда:


(С) А.Б.Рахманинова

Змей-Горыныч биоинформатики

Биологическая задача −
поставить друг под другом
гомологичные позиции

Математическая задача −
найти способ количественного
сравнения качества
выравниваний.

Программирование − создание
эффективного алгоритма и
его реализация



Слайд 8
Текст слайда:

Парное выравнивание: вес

>P1
ALGTEEIC
>P2
ALGTIAA

Две последовательности:

Параметры:

матрица замен
штрафы за пропуски




Алгоритм Ниделмана – Вунша

Алгоритм Смита – Ватермана

P1 ALGTEEIC-
P2 ALGT--IAA

P1 ALGT
P2 ALGT

Оптимальное полное выравнивание

Оптимальное частичное выравнивание


Слайд 9
Текст слайда:

Множественное выравнивание: формализация и алгоритмизация

Можно определить вес (хотя ситуация со штрафами за пропуски сложнее).

Но ни для какого определения веса не существует приемлемого (по времени работы) алгоритма, который гарантировал бы нахождение оптимального по весу выравнивания.

Аналог алгоритма Ниделмана – Вунша имеет приемлемое время работы лишь для очень малого числа последовательностей (до 4–5)


Слайд 10
Текст слайда:

«Эвристический алгоритм (эвристика) — алгоритм решения задачи, не имеющий строгого обоснования, но, тем не менее, дающий приемлемое решение задачи в большинстве практически значимых случаев» (из Википедии)

В задаче множественного выравнивания приходится использовать эвристические алгоритмы


Слайд 11
Текст слайда:


Руководящее дерево

Очевидный недостаток:«один раз гэп – навсегда гэп», ошибки парного выравнивания невозможно исправить на основании информации от других последовательностей.

Алгоритм ClustalW – пример эвристического алгоритма (так называемое «прогрессивное выравнивание»)

Множественное выравнивание получается из парных, получаемых алгоритмом Ниделмана – Вунша.
В первую очередь выравниваем самые схожие последовательности.


Слайд 12
Текст слайда:

Программы множественного выравнивания

ClustalW – к настоящему времени явно устарела, но по-прежнему очень популярна (впрочем, недавно вышла обновлённая версия)
Muscle – пожалуй, на текущий момент программа первого выбора
MAFFT – тоже очень популярная программа
DiAlign
T-Coffee
Kalign
ProbCons

Всё это программы полного выравнивания

Единственная популярная программа частичного множественного выравнивания – MEME (ищет блоки, то есть выравнивания без пропусков)


Слайд 13
Текст слайда:

Форматы хранения выравниваний

Fasta
Aln (он же Clustal)
MSF (Multiple sequence format)
PHYLIP
NEXUS

См. http://emboss.sourceforge.net/docs/themes/SequenceFormats.html#mult

Всё это текстовые файлы!


Слайд 14
Текст слайда:

Редакторы выравниваний

GeneDoc (установлен у нас)
BioEdit (тоже установлен)
Mega (тоже установлена)
JalView
ClustalX

См. http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_alignment_visualization_software


Слайд 15

Обратная связь

Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое ThePresentation.ru?

Это сайт презентаций, докладов, проектов, шаблонов в формате PowerPoint. Мы помогаем школьникам, студентам, учителям, преподавателям хранить и обмениваться учебными материалами с другими пользователями.


Для правообладателей

Яндекс.Метрика