Презентация на тему Минисателлиты в эукариотических геномах

Презентация на тему Презентация на тему Минисателлиты в эукариотических геномах, предмет презентации: Разное. Этот материал содержит 26 слайдов. Красочные слайды и илюстрации помогут Вам заинтересовать свою аудиторию. Для просмотра воспользуйтесь проигрывателем, если материал оказался полезным для Вас - поделитесь им с друзьями с помощью социальных кнопок и добавьте наш сайт презентаций ThePresentation.ru в закладки!

Слайды и текст этой презентации

Слайд 1
Текст слайда:

Минисателлиты в эукариотических геномах

Боева Валентина
Всеволод Макеев


Слайд 2
Текст слайда:

Микро- и минисателлиты

В эукариотических геномах представлено большое разнообразие различных регулярных структур. Значимую их часть составляют

Тандемные повторы с длиной периода от 2 до ~ 6 называют микросателлиты

…tttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttattta…

gggaagg-tgatggggaaggatgat
gggaaggatgatggggaaggatgat
ggtaaggatgatggagaaggatgat

…ccaccatcaccaccaccaccatcaccatcaccaccaccatcaccatcactaccaccaccaccaccaccaccatcactacca…

ggcagggggcagggggcagggggcagggggcagggggc

тандемные повторы.

Тандемные повторы с длиной периода от 6 до ~ 100 называют минисателлиты


Слайд 3
Текст слайда:

Механизмы появления и размножения:

Микросателлиты:
Диссоциация репликативного комплекса от реплицирующейся нити ДНК с последующим смещением при реассоциации (replication slippage)
Неравный кроссинговер

Минисателлиты:
Неравный кроссинговер
Более сложные механизмы (интра- интергенные обмены, например, инсерции фрагментов донорской аллели могут быть фланкированы дупликациями реципиентной аллели или сопровождатся делециями).


Слайд 4
Текст слайда:

Возможные функции микросателлитов

Влияние на транскрипцию (например, из-за образования не-В структур ДНК, или белки могут образовывать комплекс с повтором).
Влияние на трансляцию (напр., белки узнают повторы СUG на 5’-конце РНК)
Повторы, входящие в состав структурного гена, могут обуславливать повторы в белке и белковый полиморфизм.
Инсуляция (микросателлиты могут образовывать сайты узнавания СTCF, значимые на инсуляции).

… тринуклеотидные повторы CTG/CAT связаны с различными неврологическими заболеваниями (всего 14: миотоническая дистрофия, болезнь Хантингтона, спиноцеребральной атаксия и др.)


Слайд 5
Текст слайда:

GGG-повторы, сами по себе, так и содержащиеся в более крупных минисателлитных единицах, могут формировать G-квадруплекс, способные стабилизировать различные клеточные лиганды. Альтернативный сплайсинг теломеразы с образованием неактивного фермента также связан с наличием GGG-повторов.
Связь с импринтингом. Это CpG-богатые повторы в СpG-островах. Потеря повторов может коррелировать с потерей импринтинга.
Предполагается участие повторов в контроле репликации и клеточного цикла (мутационная нестабильность повторов может привести к опухолеобразованию

Возможные функции минисателлитов


Слайд 6
Текст слайда:

Цель работы:

Исследовать распределения микро- и минисателлитов с различными характеристиками в геномах эукариот

D. melanogaster

H. sapiens

R. norvegicus

G. gallus

C. elegans

A. mellifera

T. nigroviridis

D. rerio


Слайд 7
Текст слайда:

TandemSWAN для поиска повторов

Для поиска повторов в ДНК мы использовали программу TandemSWAN, которая ищет повторы в ДНК, оценивая статистическую значимость найденных структур

Она отличается от большинства других доступных программ, предназначенных для поиска тандемных повторов в ДНК, таких как Tandem Repeat Finder, RepeatMasker или mreps, в основном тем, что позволяет найти более вырожденные длинные повторы и тем, что оценивает их статистическую значимость.


Слайд 8
Текст слайда:

Распределение длин периодов повторов

Для каждого организма большая часть генома оказывается покрыта вырожденными или строгими повторами, найденными программой TandemSWAN. Но более значимые из них можно отфильтровать, основываясь на значении p-value.


Слайд 9
Текст слайда:

Выбор порога фильтрации 10-15

Порог фильтрации был выбран так, чтобы вероятность наблюсти данную периодическую структуру на произвольной позиции была не больше 10-15.

Таким образом, у нас остаются либо повторы коротких мотивов с большим числом копий


либо с меньшим числом копий, но длина повторяющегося юнита большая.

…tttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttatttattta…


Слайд 10
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов

…Здесь трудно что-то понять ☺


Слайд 11
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов …без человека

C. elegans

zebrafish

honey bee contigs

X


Слайд 12
Текст слайда:

Картинка для хромосом человека

ALUs

chrX


period 42

period 48

period 67


Слайд 13
Текст слайда:

Картинка для хромосом млекопитающих

крыса

Х-хромосома собаки


Слайд 14
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов

крыса


Слайд 15
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов

курица

половые хромосомы


Слайд 16
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов рыб

Кратные трем


Слайд 17
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23


Слайд 18
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

C. elegans


Слайд 19
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

D. melanogaster


Слайд 20
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

человек

zebrafish

собака


Слайд 21
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

крыса


Слайд 22
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

пчела


Слайд 23
Текст слайда:

Картинка для хромосом разных видов Длина периода до 23

Tetraodon


Слайд 24
Текст слайда:

Наиболее частые слова в геномах с частыми периодами, кратными четырем

Крыса, chr10 и chr12 Собака, chr1 и chrX Zebrafish, chr1 и chr20


Слайд 25
Текст слайда:

Выводы

Для различных организмов патерны минисателлитов различны. Даже для двух рыб.
Человек сильно отличается от всех других видов, в частности благодаря наличию Alu повторов и других классов минисателлитов
Распределение минисателлитов в половых хромосомах обычно отличается от распределения в аутосомах


Слайд 26
Текст слайда:

Спасибо

Миронову Андрею Александровичу, Есиповой Наталье Георгиевне, Мирей Ренье, Марине Фридман и Нике Опариной!

И вам за ваше внимание!!! ☺


Обратная связь

Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое ThePresentation.ru?

Это сайт презентаций, докладов, проектов, шаблонов в формате PowerPoint. Мы помогаем школьникам, студентам, учителям, преподавателям хранить и обмениваться учебными материалами с другими пользователями.


Для правообладателей

Яндекс.Метрика