- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Что такое биоинформатика?Банк SwissProt презентация
Содержание
- 1. Что такое биоинформатика?Банк SwissProt
- 2. Что такое биоинформатика? Исследование информационных процессов
- 3. Биоинформатика Исследование информационных процессов в биологических системах
- 4. Примеры задач биоинформатики Разработка алгоритмов для анализа
- 5. Что понимать под биоинформатикой?
- 6. Итак... Биоинформатика = вычислительная молекулярная биология Почему так сузился смысл термина?
- 7. gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat
- 8. В конце 1970-х годов был изобретён относительно
- 9. Для хранения все возрастающей информации о последовательностях
- 10. Пионеры биоинформатики Лайнус Полинг 1962 Zuckerkandl, E.,
- 11. Пионеры биоинформатики Маргарет Дейхофф Однобуквенный код аминокислот
- 12. Первый “банк данных” Атлас белковых последовательностей и
- 13. Банки данных Архивные (примеры:
- 14. Банк данных Swiss-Prot 1986 Swiss-Prot – база
- 15. Банк данных Swiss-Prot Амос Байрох Руководитель
- 16. Банк данных Swiss-Prot Статистика роста количества
- 17. Банк данных TrEMBL Формальная трансляция всех
- 18. Тенденция объединения 2002
- 19. Банк данных UniProt UniProt (Universal Protein Resource)
- 20. ~2 500 000
- 21. Соотношение числа белков, представленных в разных банках
- 22. Документ банка данных Swiss-Prot Описание документа: идентификатор,
- 23. Основные поля записи SwissProt ID AC DE OS OC И сама последовательность, конечно.
Что такое биоинформатика? Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции). Изучение и внедрение в компьютерную науку «биологических» методов анализа информации (нейросетей, генетических алгоритмов, нечеткой логики и
Слайд 2Что такое биоинформатика?
Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах,
организме, популяции).
Изучение и внедрение в компьютерную науку «биологических» методов анализа информации (нейросетей, генетических алгоритмов, нечеткой логики и др.).
Применение компьютерных методов для решения биологических задач.
Телепатия, парапсихология, информационные поля и т.п.
Изучение и внедрение в компьютерную науку «биологических» методов анализа информации (нейросетей, генетических алгоритмов, нечеткой логики и др.).
Применение компьютерных методов для решения биологических задач.
Телепатия, парапсихология, информационные поля и т.п.
?
Слайд 3Биоинформатика
Исследование информационных процессов в биологических системах (клетках, органах, организме, популяции).
Изучение и
внедрение в компьютерную науку «биологических» методов анализа информации (нейросетей, генетических алгоритмов, нечеткой логики и др.).
Применение компьютерных методов для решения биологических задач.
Телепатия, парапсихология, информационные поля и т.п.
Применение компьютерных методов для решения биологических задач.
Телепатия, парапсихология, информационные поля и т.п.
Слайд 4Примеры задач биоинформатики
Разработка алгоритмов для анализа большого объема биологических данных
Алгоритм поиска
генов в геноме
Анализ и интерпретация биологических данных таких, как нуклеотидные и аминокислотные последовательности, структура молекул белков, структура комплексов молекул белков с другими молекулами.
Изучение структуры активного центра белка
Разработка программного обеспечения для управления и быстрого доступа к биологическим данным
Создание банка данных аминокислотных последовательностей
Анализ и интерпретация биологических данных таких, как нуклеотидные и аминокислотные последовательности, структура молекул белков, структура комплексов молекул белков с другими молекулами.
Изучение структуры активного центра белка
Разработка программного обеспечения для управления и быстрого доступа к биологическим данным
Создание банка данных аминокислотных последовательностей
Слайд 5
Что понимать под биоинформатикой?
Как видим, смысл термина ещё ỳже...
Применение компьютерных методов
для решения биологических задач
Применение компьютерных методов для решения задач
молекулярной биологии
... и еще ỳже...
Компьютерный анализ экспериментальных данных о структурах биологических макромолекул (белков и нуклеиновых кислот) с целью получения биологической информации
Слайд 6Итак...
Биоинформатика = вычислительная молекулярная биология
Почему так сузился смысл термина?
Слайд 7gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg
ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct
ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa
gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg
ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa
agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa
attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat
aatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccga
gagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattc
tttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacaga
acaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatcta
cgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacag
ctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaa
aacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgata
cctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccga
gctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttac
tatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccg
acagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgc
tatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaa
acgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttca
ctaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttac
ccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataa
actcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaag
gattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacct
ctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttac
ctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataa
Слайд 8В конце 1970-х годов был изобретён относительно
быстрый и дешёвый метод экспериментального
определения
последовательности оснований в ДНК
последовательности оснований в ДНК
Организм
ДНК «в пробирке»
Последовательность
выделение
секвенирование
...TGCCACAAATCAC...
Слайд 9Для хранения все возрастающей информации о последовательностях ДНК в 1982 году
был основан GenBank
GenBank — хранилище последовательностей нуклеиновых кислот в виде компьютерных файлов
Объем GenBank’а:
1982: 680 338 букв в 606 последовательностях
1992: 101 008 486 букв в 78 608 последовательностях
2002: 28 507 990 166 букв в 22 318 883 последовательностях
2004: 44 575 745 176 букв в 40 604 319 последовательностях
2005: 56 037 734 462 букв в 52 016 762 последовательностях
(из ~165 000 организмов)
Размер файлов — 196 Gb
Слайд 10Пионеры биоинформатики
Лайнус Полинг
1962
Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1962. Molecular disease, evolution,
and genic heterogeneity. Horizons in Biochemistry, Academic Press, New York, 189-225.
Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1965. Evolutionary divergence and convergence
in proteins. Evolving Genes and Proteins, Academic Press, New York, 97-166.
Zuckerkandl, E., and L. Pauling. 1965. Evolutionary divergence and convergence
in proteins. Evolving Genes and Proteins, Academic Press, New York, 97-166.
Анализ аминокислотных последовательностей глобинов нескольких позвоночных
Гипотеза молекулярных часов
Слайд 11Пионеры биоинформатики
Маргарет Дейхофф
Однобуквенный код аминокислот
A,C,D,E,F,G,H…
Матрицы аминокислотных замен PAM (Point Accepted Mutation)
1965
Атлас
последовательностей белков и их структур (1965)
Слайд 12Первый “банк данных”
Атлас белковых последовательностей и их структур
1965 -1978
Первая версия атласа
содержала описание 65 (!) последовательностей белков
Слайд 13Банки данных
Архивные
(примеры: PDB, GenBank)
за содержание каждой записи отвечает
её автор-экспериментатор
Курируемые за содержание записей отвечают специальные люди — кураторы
Автоматические записи генерируются компьютерными программами
Курируемые за содержание записей отвечают специальные люди — кураторы
Автоматические записи генерируются компьютерными программами
Слайд 14Банк данных Swiss-Prot
1986
Swiss-Prot – база знаний о белковых последовательностях
http://www.expasy.org/sprot/
Курируемая база
данных
“Золотой стандарт” аннотации
“Золотой стандарт” аннотации
Слайд 15Банк данных Swiss-Prot
Амос Байрох
Руководитель группы Swiss-Prot в Швейцарском Институте Биоинформатики
С
1987 поддерживается в сотрудничестве между
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
European Bioinformatics Institute (EBI)
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
European Bioinformatics Institute (EBI)
Слайд 16Банк данных Swiss-Prot
Статистика роста
количества документов
Текущий релиз 48.9 (24 января 2006)
содержит 206586 документов
1986
2006
2001
Слайд 17Банк данных TrEMBL
Формальная трансляция всех кодирующих нуклеотидных последовательностей из банка EMBL
Автоматическая
классификация и аннотация
TrEMBL (Translated EMBL)
Текущий релиз 31.9 (24 января 2006) содержит 2 586 884 документа
Слайд 19Банк данных UniProt
UniProt (Universal Protein Resource)
UniProt Knowlegebase – SwissProt+TrEMBL
UniProt Archive
– UniParc
UniProt Reference – UniRef
UniProt Reference – UniRef
Слайд 20
~2 500 000
последовательностей
компьютерный поиск гена, трансляция и
компьютерная аннотация
UniRef
(UniProt
non-redundant
Reference
databases)
UniParc
(UniProt Archive)
∼200 000 последовательностей
Экспертиза
Базы данных
научной литературы
Слайд 21Соотношение числа белков,
представленных в разных банках
3 078 524
33 321
206 586
Последовательностей во
много раз больше, чем структур!
Большинство последовательностей не аннотированы!
Большинство последовательностей не аннотированы!
Слайд 22Документ банка данных Swiss-Prot
Описание документа: идентификатор,
имя, дата создания и модификации
Аннотация
последовательности
Последовательность
