2010, © А.Б.Рахманинова
- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Быстрые пути эволюции белков. Домен. БД PFAM, InterPro. презентация
Содержание
- 1. Быстрые пути эволюции белков. Домен. БД PFAM, InterPro.
- 2. Первые же попытки классификации коллекций аминокислотных последовательностей
- 3. Домен – относительно консервативный в процессе
- 4. Домены, найденные в последовательностях, часто, но далеко
- 5. Словарик
- 6. Ничто удачное не должно пропасть даром
- 7. Ортологи — последовательности, возникшие из одного общего
- 8. Comparison of gene structures and their sequence
- 9. Пример доменных перестроек: не только дупликации!
- 10. Пример 4
- 11. Домен – единица эволюции, структуры и функции
- 12. Pfam http://pfam.sanger.ac.uk Большая коллекция семейств доменов
- 13. Язык Pfam : Семейство –
- 14. Pfam Prosite Prints Blocks Smart
- 15. Создание интегрированной базы данных InterPro
Первые же попытки классификации коллекций аминокислотных последовательностей показали существование семейств гомологичных белков консервативных мотивов в негомологичных белках
Слайд 2Первые же попытки классификации коллекций аминокислотных последовательностей показали существование
семейств гомологичных белков
консервативных
мотивов в негомологичных белках
Слайд 3Домен – относительно консервативный в процессе
эволюции непрерывный и достаточно
длинный фрагмент последовательности.
Последовательность может содержать один или несколько доменов
Последовательность может содержать один или несколько доменов
Слайд 4Домены, найденные в последовательностях, часто, но далеко не всегда совпадают со
структурными доменами.
Слайд 6Ничто удачное не должно пропасть даром
Точечные мутации − медленный путь эволюции
Быстрый
путь − дупликация
Дуплицируются короткие фрагменты, домены, гены, кластеры генов, хромосомы, геномы
Вторая копия может приобрести новые функции
Дуплицируются короткие фрагменты, домены, гены, кластеры генов, хромосомы, геномы
Вторая копия может приобрести новые функции
Почему это интересно?
Слайд 7Ортологи — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования.
Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию
Паралоги — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции.
Паралоги — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции.
Пример 1: дупликация генов (повторяем)
Слайд 8Comparison of gene structures and their sequence similarities.
Logsdon J M ,
Doolittle W F PNAS 1997;94:3485-3487
©1997 by The National Academy of Sciences of the USA
Пример 2: дупликация короткого повтора
Слайд 11Домен – единица эволюции, структуры
и функции белков.
Домен – компактная, относительно
независимо
сворачивающаяся структура,
относительно консервативная в процессе
эволюции.
Белок может состоять из одного или
многих доменов.
относительно консервативная в процессе
эволюции.
Белок может состоять из одного или
многих доменов.
Слайд 12Pfam
http://pfam.sanger.ac.uk
Большая коллекция семейств доменов
Для каждого семейства есть
множественное выравнивание и профиль-HMM .
Состоит из 2-х частей:
PfamA – курируемая часть, покрывает 76% UniProt
PfamB – большое число маленьких семейств из автоматически сгенерированной базы доменов, не вошедших в PfamA (раньше – ProDom, теперь – ADDA) .
Удобна для анализа доменной структуры белков.
Состоит из 2-х частей:
PfamA – курируемая часть, покрывает 76% UniProt
PfamB – большое число маленьких семейств из автоматически сгенерированной базы доменов, не вошедших в PfamA (раньше – ProDom, теперь – ADDA) .
Удобна для анализа доменной структуры белков.
Слайд 13Язык Pfam :
Семейство – коллекция гомологичных белков.
Домен – структурная единица,
которую можно найти во множественном выравнивании.
Повтор – короткая единица, нестабильная сама по себе, но образует стабильные структуры, если есть много копий.
Мотив – короткая единица структуры вне глобулярных доменов.
Клан – группа родственных записей.
Повтор – короткая единица, нестабильная сама по себе, но образует стабильные структуры, если есть много копий.
Мотив – короткая единица структуры вне глобулярных доменов.
Клан – группа родственных записей.
Слайд 14Pfam
Prosite
Prints
Blocks
Smart
(ProDom, PIRaln, ProClass, Systers, Picasso etc. not shown)
Сравните
Слайд 15Создание интегрированной базы данных InterPro
PROSITE
PFAM
PRINTS
InterPro
entries
IPR000001-
IPR011000
Интегрирование
родственных подписей «вручную»
ProDom
SMART
TIGRFAMs
PIRSF
SUPERFAMILY
InterPro- an integrated
resource of protein families, domains and functional sites.
