DeepView – The Swiss-PdbViewer презентация

Содержание

1. DeepView – The Swiss-PdbViewer
2. Доступные режимы моделирования First approach mode: выравнивание
3. The Optimise (project) mode
5. Finding homologous templates Поиск гомологичных шаблонов
6. Edit>Blast Selection vs. ExPDB: result list
7. 2. Generating a modeling - project
8. Aligning the target sequence onto the templates
9. Viewing the threading energy
10. Manually refining the alignment Ручные процедуры
11. ` Длинные связи соответствуют пробелам в
12. 3. Submitting a modeling - project
13. 4 . Improving a return model
14. Незначительные регулировки
15. Display Modes Режимы отображения
16. - Display > Slab: это включает и
17. Обычные режимы отображения
18. Display>Use OpenGL Rendering and Display>Render in solid
19. STEREOSCOPIC MODES Стереоскопические режимы отображения
20. Red and blue stereo Красный и синий
21. Side by side stereo Бок о бок
22. Аппаратное стерео Режим выше / ниже
23. SETTING PREFERENCES
24. Loading preferences
25. Real time display preferences
26. Rock and Roll
27. Labels settings
28. Color settings
29. Ribbon preferences
30. Surface preferences
31. Electrostatic potential parameters
32. Electron density maps (EDM) parameters
33. E minimization preferences
34. H-bond detection threshold(порог обнаружения)
35. Ramachandran Plot preferences
36. Alignment window(окно выравнивания) preferences
37. Swiss-Model server settings
38. DeepView file server settings For using
39. 3D rendering parameters
40. 3D light settings

Доступные режимы моделирования First approach mode: выравнивание целевых последовательностей и шаблонов Optimise mode: представление запросов как modeling-projects от DeepView Oligomer modeling: моделирование multimeric proteins GPCR mode:

Слайд 1DeepView – The Swiss-PdbViewer

Слайд 2Доступные режимы моделирования
First approach mode:
выравнивание целевых
последовательностей и шаблонов

Optimise mode:
представление запросов

как
modeling-projects от
DeepView

Oligomer modeling:
моделирование multimeric proteins

GPCR mode:
Модели 7 трансмембранных спиральных
части с G-белковым рецептором

Homology modeling

Слайд 3The Optimise (project) mode

Слайд 4

1. Loading files

SwissModel>Load Raw Sequence –загрузка целевой последовательности FastA file

File>Import - загрузка целевой последовательности SWISS-PROT file

Слайд 5Finding homologous templates Поиск гомологичных шаблонов

Скачивание выбранного ExPDB файла, его сохранение и открытие через Deep View

BLAST оценка

Нажав Detail видим
цель / детали шаблона
выравнивания.

Экспериментальные данные: метод и разрешение

Ссылка на PDB, записи о PDB
веб-сайтах

Описание белков

SwissModel>Find Appropriate ExPDB Templates

Слайд 6 Edit>Blast Selection vs. ExPDB: result list
Выберите один присоединенный код чтобы

скачать файл

Finding homologous templates

Edit>Blast Selection vs. ExPDB

Слайд 7 2. Generating a modeling - project Наложения и выравнивание

всех гомологичных шаблоны

- click Fit>Magic Fit and Fit>Generate Structural Alignment
- click Fit>Iterative Magic Fit (структурное выравнивание будет выполнено
автоматически)

Целевая последовательность

Шаблоны

Целевая последовательность

Унифицированные шаблоны

Слайд 8Aligning the target sequence onto the templates Выравнивание последовательности-мишени на шаблонах

Click Fit>Fit Raw Sequence для
генерации последовательности
согласованной между целью и
шаблоном
Это обеспечит ЦП с
предварительной 3D-структурой,
нужной для дальнейшей
корректировки и лучшего
согласования

Создание предварительная
3D-структуры для цели

Слайд 9Viewing the threading energy

Слайд 10Manually refining the alignment Ручные процедуры выравнивания
Внимание разрыв
Удален пробел
Оригинальный разрыв
Перемещенный разрыв

Слайд 11`
Длинные
связи соответствуют
пробелам в
последовательности-мишени

Глобальные
потоки
энергии.
Фланговые пробелы в

энергии аминокислотных последовательностей. Нахождение разрыва
ниже нулевого уровня

Слайд 123. Submitting a modeling - project

SwissModel>Submit Modelling Request: Swiss-Model Optimise Mode
Адрес

Вашей электронной почты, имя и название проекта

Скопируйте первую строку в текстовое поле или нажмите кнопку Browse, чтобы выбрать ваш проект

Before submitting the modeling-project

After submitting the modeling-project

Слайд 134 . Improving a return model

Слайд 14Незначительные регулировки

Слайд 15Display Modes Режимы отображения

Слайд 16- Display > Slab: это включает и выключает Slab mode, который

ограничивает молекулы, удаляя те группы, которые находятся слишком далеко от экрана (глубину Slab (в Å) можно регулировать в настройках> Display) - Slab mode позволяет просматривать сечение конкретных групп, что очень полезно для изучения интерьера белков

Слайд 17 Обычные режимы отображения

Обеспечивает быстрое отображение реального времени и

высокую частоту кадров рендеринга

Наиболее подходящий режим для прямого работы

В этих режимах можно применять все команды DeepView, включая все вычислительные и установочные инструменты

Слайд 18Display>Use OpenGL Rendering and Display>Render in solid 3D
Preferences > Surfaces:
Preferences

> Ribbons:
Preferences > 3D Rendering

Слайд 19STEREOSCOPIC MODES Стереоскопические режимы отображения

Нажмите Display>Stereo View :включения и выключения стерео визуализации

Swiss-PdbViever поддерживает три различных режима стерео: red and blue, side by side, and hardware stereo

Слайд 20Red and blue stereo Красный и синий
Перекрывание изображений
отображаются на дисплее. Красное

изображение поворачивается ‘-2’
градуса вокруг вертикальной оси,
а синее изображение - ‘+2’ градуса

Preferences>Stereo Display

Очки

Слайд 21Side by side stereo Бок о бок
Оба изображения слегка наклоненный влево, каждый

глаз будет видеть несколько иную сторону объекта и мозг будет сочетать в себе два изображения в 3D-объект

Настройка Stereoscopic View Settings
- разделение, в пикселях: чем дальше друг от друга изображения, тем труднее поддерживать 3D
- угол поворота в градусах

Слайд 22Аппаратное стерео
Режим выше / ниже стерео (Above/Below, АВ):
двойная

вертикальная синхронизация экрана: первая половина экрана (слева) освещается ,изображение восходит к верхней части экрана и отображает в нижней части уже справа. Изображения отображаются попеременно на экране с очень высокой частотой

Истинное стерео OpenGL: различные буфера экрана для левого глаза и правого глаза; переключение выполняет графическая карта при отправке соответствующего сигнала на излучатель Нет потери разрешения экрана

Слайд 23 SETTING PREFERENCES

Слайд 24Loading preferences

Слайд 25Real time display preferences

Слайд 26Rock and Roll

Слайд 27Labels settings

Слайд 28Color settings

Слайд 29Ribbon preferences

Слайд 30Surface preferences

Слайд 31Electrostatic potential parameters

Слайд 32Electron density maps (EDM) parameters

Слайд 33E minimization preferences

Слайд 34H-bond detection threshold(порог обнаружения)

Слайд 35Ramachandran Plot preferences

Слайд 36Alignment window(окно выравнивания) preferences

Слайд 37Swiss-Model server settings

Слайд 38DeepView file server settings
For using BLAST and importing PDB files, you

must define the Web server:

Слайд 393D rendering parameters

Слайд 403D light settings

Слайд 41

Скачать презентацию