Elementary interactions: Van der Waals & H-bonds презентация

Johannes Diderik van der Waals (1837 – 1923) — Nobel Prize 1910 Fritz Wolfgang London  (1900 – 1954)

Слайд 1PROTEIN PHYSICS

LECTURES 3-4

Elementary interactions:
Van der Waals
&
H-bonds


Слайд 2


Слайд 3
Johannes Diderik van der Waals
(1837 – 1923)
— Nobel Prize 1910
Fritz Wolfgang

London 
(1900 – 1954)

Слайд 4“London part”,
precise
approx.
The simplest form


Слайд 5In vacuum


Слайд 6Main-chain:
φ (N-Cα) ,
ψ (Cα-C’)


Слайд 7ω = 180ο

ω = 0ο

2.8A < rmin(C…C) = 3.0A
strong repulsion


Слайд 8s
t
r
o
n
g

r
e
p
u
l
s
i
o
n
weak


attraction
weak


attraction
r0(N…N)=3.1A


Слайд 10ALA
Gopalasamudram Narayana Iyer Ramachandran(1922-2001)


Слайд 11>ALA:
γ-atoms


Слайд 12PRO (φ = -70o)
Before PRO


Слайд 13ALA, etc.

GLY only

Слайд 14WATER molecule:
HYDROGEN BONDS
H-bond energy: 5 kcal/mol
ICE sublimation: (12 kcal/mol - 2

kcal/mol[vdW])/2
10 kcal/mol[CH3-CH2-OH] - 5 kcal/mol[CH3-O-CH3]

(HO)-1/3-H+1/3 ::::: O-2/3-H2+2/3: ε∙1/3 ∙2/3 ∙ (-1/2-1/4+2∙1/3)
~ 6 kcal/mol


Слайд 15WATER molecule:
HYDROGEN BONDS
H-bond energy: 5 kcal/mol
ICE sublimation: (12 kcal/mol - 2

kcal/mol[vdW])/2
10 kcal/mol[CH3-CH2-OH] - 5 kcal/mol[CH3-O-CH3]

(HO)-1/3-H+1/3 ::::: O-2/3-H2+2/3: ε∙1/3 ∙2/3 ∙ (-1/2-1/4+2∙1/3)
~ 6 kcal/mol





Слайд 16WATER molecule:
HYDROGEN BONDS
H-bond energy: 5 kcal/mol
ICE sublimation: (12 kcal/mol - 2

kcal/mol[vdW])/2
10 kcal/mol[CH3-CH2-OH] - 5 kcal/mol[CH3-O-CH3]

(HO)-1/3-H+1/3 ::::: O-2/3-H2+2/3: ε∙1/3 ∙2/3 ∙ (-1/2-1/4+2∙1/3)
~ 6 kcal/mol





Слайд 19MODEL OF “FORMED” and “BROKEN”
H-BONDS IN WATER IS VERY ROUGH
O-H

O--H ::: O

Слайд 20PEPTIDE GROUP
ALSO FORMS
H-BONDS
DONOR
ACCEPTOR


Слайд 21ENERGY E = const ENTRORY S~ln(pos.) increases
FREE ENERGY

F=E-TS decreases: water moves

Just because H-bonds have large energy,
only their ENTROPIC part
plays a role in water surrounding



EXCHANGE OF H-BONDS IN WATER

FORMATION OF H-BOND IN VACUUM

ENERGY E decreases


Обратная связь

Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое ThePresentation.ru?

Это сайт презентаций, докладов, проектов, шаблонов в формате PowerPoint. Мы помогаем школьникам, студентам, учителям, преподавателям хранить и обмениваться учебными материалами с другими пользователями.


Для правообладателей

Яндекс.Метрика