- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Синтез ДНК через повреждение презентация
Содержание
- 1. Синтез ДНК через повреждение
- 2. ДНК-ПОЛИМЕРАЗЫ 1957 г., Артур Корнберг, ДНК-полимераза I
- 4. 3D-СТРУКТУРА ДНК-ПОЛИМЕРАЗЫ ДНК-полимераза фага RB69 (PDB-код
- 5. "окисленные" основания алкилированные основания объемные аддукты thymine
- 6. 2D-СТРУКТУРА ДНК-ПОЛИМЕРАЗЫ "пальцы" "ладонь" "большой палец" "маленький палец"
- 7. DNA polymerase processivity factor SSB lesion TLS
- 8. ПРОКАРИОТЫ Pol I Pol
- 9. β-clamp Pol V - UmuD’2C Livneh Z.
- 10. ЭУКАРИОТЫ ДНК-зависимые ДНК-полимеразы 19 ферментов :
- 13. репликативная ДНК-полимераза повреждение выбор TLS на лидирующей
- 14. pol 1 pol 2 TLS
- 15. 2D-СТРУКТУРА ДНК-ПОЛИМЕРАЗЫ "пальцы" "ладонь" "большой палец" "маленький палец"
- 16. пострепликативный TLS
- 17. DNA polymerase processivity factor SSB lesion TLS
- 18. 1999 Zvi Livneh
- 19. pSKSL ~3 kb gap:
- 20. cm kan
- 21. cm kan
- 22. cm kan
- 23. Proc Natl Acad Sci U S A.
Слайд 2ДНК-ПОЛИМЕРАЗЫ
1957 г., Артур Корнберг, ДНК-полимераза I
1975 г., классификация
1990 г., новая номенклатура
2013
Структурная специфичность: A, B, C, D, X, Y, RT
A, B, X, Y, RT
А, B: высокоточные репликативные и репаративные ДНК-полимеразы
Х: низкоточные репаративные ДНК-полимеразы
Y: низкоточные при копировании неповрежденной матрицы репаративные
ДНК-полимеразы
Слайд 43D-СТРУКТУРА ДНК-ПОЛИМЕРАЗЫ
ДНК-полимераза фага RB69
(PDB-код 3QEP)
B-семейство
ДНК-полимераза β человека
(PDB-код 3QEP)
X-семейство
ДНК-полимераза
Sulfolobus solfataricus
(PDB-код 1JX4)
Y-семейство
ДНК-полимераза HIV-1 RT
ВИЧ
(PDB-код 2HMI)
RT-семейство
ДНК-полимераза Taq
Thermus aquaticus
(PDB-код 1TAQ)
А-семейство
Слайд 5"окисленные" основания
алкилированные основания
объемные аддукты
thymine glycol
[BP]-dA
t-s TT (CPD)
c-s TT (CPD)
(6-4)TT
Dewar TT
TT
Слайд 7DNA
polymerase
processivity
factor
SSB
lesion
TLS patch
DNA
прокариоты (E.coli)
эукариоты (mammalian)
Pol III (C-семейство)
β-clamp
SSB/RecA
Pol δ/ε (В-семейство)
PCNA
RPA
Общая схема прохождения повреждения
репликативным
?
Слайд 8
ПРОКАРИОТЫ
Pol I
Pol II
Pol III
Pol IV
Pol V
А-семейство
B-семейство
С-семейство
Y-семейство
Y-семейство
3'-5' exo
5'-3' exo
3'-5' exo
3'-5' exo
созревание
NER
индукция реактивации реплисомы;
NER, BER; TLS
репликация;
NER
TLS (N2-dG-аддукты,
алкилированные dN);
адаптивный мутагенез
TLS, SOS-репарация
DinA
DinB
UmuD'2
UmuC
ДНК-
полимераза
семейство
доп.
активности
основные функции
альтерн.
название
Слайд 9β-clamp
Pol V - UmuD’2C
Livneh Z. J. Biol. Chem. 2008. 283. 8274
Pol
β-clamp
SSB
RecA
SSB
Pol II
Pol IV
гомологичная
рекомбинация
β-clamp
β-clamp
Pol II
Pol IV
Pol V
dNTP pool concentration
5% 80% (stress)
95% 1% (stress)
всегда через ресинтез
Fuchs R. DNA Repair 2016. 44. 51
Слайд 10ЭУКАРИОТЫ
ДНК-зависимые ДНК-полимеразы
19 ферментов :
репликативные
ДНК-полимеразы
(α, δ, ε
15 ДНК-полимераз
(репликация и репарация)
митохондриальная
ДНК-полимераза
(γ – А-семейство)
A, B, -семейства
X, Y
Слайд 13репликативная
ДНК-полимераза
повреждение
выбор
TLS на лидирующей цепи
(REV1- зависимый
синтез специфической
ДНК-полимеразой)
TLS на отстающей цепи –
возникновение "gap"-структур
(PCNA-зависимый
синтез
ДНК-полимеразой)
PCNA
REV1
специфические
ДНК-полимеразы
RPA
RPA
Слайд 17DNA
polymerase
processivity
factor
SSB
lesion
TLS patch
DNA
прокариоты (E.coli)
эукариоты (mammalian)
Pol III (C-семейство)
β-clamp
SSB/RecA
Pol δ/ε (В-семейство)
PCNA
RPA
Общая схема прохождения повреждения
репликативным
?
Слайд 18 1999 Zvi Livneh
совмещение двух подходов:
E.coli (in vitro,
H1299 (аденокарцинома легких)
Saos-2 (остеосаркома)
PC3 (карценома простаты)
Hep3B (гепатома)
XP-V - XP30RO, XP6DU (HEF)
MEF
лимфома Беркита
human U2OS cells (остеосаркома)
Методы изучения TLS
генетический подход -
обработка ДНК-пол дефицитных клеток ДНК-повреждающими агентами
биохимический подход -
использование поврежденных синтетических ДНК и рекомбинантных белков
Слайд 23Proc Natl Acad Sci U S A. 2009 Jul 14;106(28):11552-7.
DNA
Ziv O, Geacintov N, Nakajima S, Yasui A, Livneh Z.
