- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Секвенирование нового поколения (NGS) презентация
Содержание
- 1. Секвенирование нового поколения (NGS)
- 2. Революция цены в геномных исследованиях 454
- 3. Второе поколение секвенаторов – NGS – создатели
- 4. Принцип пиросеквенирования
- 5. Пиросеквенирование: приготовление библиотек
- 6. Пиросеквенирование: ПЦР в эмульсии
- 7. Пиросеквенирование: секвенирование
- 8. Пиросеквенирование: секвенирование
- 9. Пиросеквенирование: анализ результатов Особенности: 1) Лучшее качество
- 10. SOLiD SOLiD 4 SOLiD 5500
- 11. Шаг 1: Подготовка библиотек
- 12. SOLiD: результат ПЦР в эмульсии 1.6 x 109 150 – 300 x 109
- 13. E-PCR
- 14. E-PCR
- 15. Шаг 3: обогащение полученных бидсов
- 16. Шаг 4: 3′-модификация концов и нанесение бидсов
- 17. SOLiD: Пробы 2 Base Pair Encoding Using 4 Dyes
- 18. SOLiD
- 19. SOLiD
- 20. SOLiD read SNP Insertion / Deletion
- 21. SOLiD: SNP и ошибки чтения 98% raw
- 22. Технология фирмы Illumina – HiSeq, MySeq, NextSeq,
- 23. Illumina
- 24. Illumina
- 25. Illumina
- 26. Illumina GA и HiSeq vs NovaSeq
- 27. Illumina NextSeq и Nova Seq Используются только два красителя и длины волн
- 28. Ion \ Proton Torrent Особенности: 1) Не
- 29. Ion \ Proton Torrent - E-PCR
- 30. Ion \ Proton Torrent
- 31. Ошибки и проблемы NGS Связанные с пробоподготовкой
- 32. Ошибки кластеризации и баркодирования, поликлональность
- 33. Ошибки и проблемы NGS Связанные с особенностями
- 34. Ошибки и проблемы NGS – анализ Q-scores + искажения, вносимые анализом
- 35. Мировая карта NGS систем
- 36. Спасибо за внимание
Революция цены в геномных исследованиях 454 GS20 1000 Геномов SOLiD 3.0 Illumina GA2
Слайд 1Васильев Геннадий Владимирович
Секвенирование нового поколения (NGS)
Институт цитологии и генетики СО РАН
Слайд 3Второе поколение секвенаторов – NGS – создатели геномики
Roche FLX Titanium
Illumina HiSeq
SOLiD
5500
Ion Proton
Слайд 9Пиросеквенирование: анализ результатов
Особенности:
1) Лучшее качество и высокая цена
2) Невозможность разрешения политрактов
длиннее 5-7-9 осн.
3) Длинные фрагменты (600-800 п.н.) без использования mate-pair библиотек
4) Активно применялся для секвенирования de novo и метагеномов
3) Длинные фрагменты (600-800 п.н.) без использования mate-pair библиотек
4) Активно применялся для секвенирования de novo и метагеномов
Ресеквенирование генома S. cerevisiae - 12,070,820 (12 Mb) при 20х покрытии
Total Genomic Coverage 95.14%, Number of Contigs – 694, Average Contig Size 16.547 bases
Слайд 10SOLiD
SOLiD 4
SOLiD 5500
Особенности:
1) Самые короткие чтения 50 или 75
п.н., используется при ресеквенировании и анализе транскриптомов
2) Есть чтение mate-pair библиотек
3) Достаточно высокая точность при использовании специализированного ПО
2) Есть чтение mate-pair библиотек
3) Достаточно высокая точность при использовании специализированного ПО
Слайд 21SOLiD: SNP и ошибки чтения
98% raw base accuracy
99,99% consensus accuracy (~
20x coverage)
SNP
error
Слайд 22Технология фирмы Illumina – HiSeq, MySeq, NextSeq, NovaSeq
Особенности:
Чтения 50-300 п.н.
прямые либо парные
Есть чтение mate-pair библиотек
3) Доминирующая на рынке (80-90%), применяется везде.
Есть чтение mate-pair библиотек
3) Доминирующая на рынке (80-90%), применяется везде.
Слайд 28Ion \ Proton Torrent
Особенности:
1) Не используется высокочувствительная оптика
2) Длинное чтение (до
400 п.н. непостоянной длины)
3) Самая быстрая скорость работы
4) Меньшая точность
3) Самая быстрая скорость работы
4) Меньшая точность
Слайд 31Ошибки и проблемы NGS
Связанные с пробоподготовкой
Искажения представленности
Химерные последовательности, ошибки баркодирования
Фоновый
шум
Слайд 33Ошибки и проблемы NGS
Связанные с особенностями метода
Искажения представленности
Систематические ошибки
Химерные контиги, ошибки
анализа данных
Неверные алгоритмы анализа
Неверные алгоритмы анализа
