Нуклеиновые кислоты. (Часть 2) презентация

2’ ОН группы, а у РНК – есть

ДНК более устойчива к действию химических веществ и остается стабильной в отсутствие ферментативного катализа

Именно ДНК является хранителем наследственной информации

пиримидины поглощают в УФ области спектра с максимумом при 260 нм Мах поглощения ДНК при λ = 260 нм

1 единица оптического поглощения соответствует концентрации 50 мкг/мл ДНК

(Оптич.погл. при 260нм / Оптич.погл. при 280 нм)

>= 1,7

Проба ДНК достаточно чиста от примесей белка

от дву- к одноцепочечной форме

двойной спирали

Тпл (Тm) - та температура, при которой разрушается половина водородных связей

От чего зависит Тm ДНК?
1. От длины ДНК
2. От GC-состава
3. От ионной силы раствора

В клетке «плавление» ДНК осуществляет фермент - хеликаза

растворе

Тm и Ионная сила раствора

положение молекулы ДНК в градиенте плотности хлористого цезия при ультраЦФ)
Происходит гиперхромный эффект

Отношение заряда к массе одинаково для всех нуклеиновых кислот

Разделение за счет размеров и формы!

фрагментов от 100 bp до 30000 bp

Пульс-электрофорез (PFGE)
Для фракционирования молекул более 30 – 50 kbp

Между логарифмом электрофоретической подвижности ДНК (μ) и концентрацией геля (τ) существует прямая зависимость:
Lg μ = μ0 - Kr* τ
μ0 – cвободная электрофоретическая подвижность
Kr – коэфф. замедления (зависит от св-в геля, величины и формы движущихся молекул)

суперспирализованная
11 – релаксированная
1r – промежуточные формы с разным количеством супервитков

КАНЦЕРОГЕН!
Другие красители, специфичные для ДНК, например, SYBR Green
Радиоавтография

of a specific DNA sequence in DNA samples.
Соединение in vitro комплементарных одноцепочечных НК в одну молекулу 
ДНК-ДНК гибридизация
ДНК-РНК гибридизация
Nothern blot
Метод исследования экспрессии генов путем тестирования м-РНК

Гибридизация in situ FISH

Чтобы разъединить нуклеотидные цепи ДНК прибегают к денатурации (для последующей гибридизации денатурированной должна быть как ДНК в ядрах исследуемого образца, так и сам ДНК-зонд).

структуры. Технология методов секвенирования нового поколения (СНП) позволяет «прочитать» единовременно сразу несколько участков генома, что является главным отличием от более ранних методов секвенирования. СНП осуществляется с помощью повторяющихся циклов удлинения цепи, индуцированного полимеразой, или многократного лигирования олигонуклеотидов. В ходе СНП могут генерироваться до сотен мегабаз и гигабаз нуклеотидных последовательностей за один рабочий цикл.

твердой подложке.
ДНК-зависимая ДНК полимераза синтезирует комплементарную цепь.
Встраивание каждого нового нуклеотида регистрируется с помощью камеры.

используются 3‘ модифицированные нуклеотиды с присоединенными флюоресцентными метками разных цветов.

Длина прочтения составляла 30-35 нуклеотида, можно было получить около 1 Gb информации.
HiSeq 2000 (2011 год) способен секвенировать 6 человеческих геномов за 11 дней. Длина прочтения составляет 100 нуклеотидов, можно получить 600 Gb информации

НАИБОЛЕЕ ПРОИЗВОДИТЕЛЬНЫЙ МЕТОД

экспрессии генов

этим?

Выделили плазмидную ДНК
Определили ее концентрацию
Провели рестрикционный анализ выделенной ДНК с помощью рестриктаз EcoR1 и Pstl
Сегодня будем проводить ЭФ для оценки рестрикции. Фрагменты какой длины мы с вами должны будем увидеть?
+ понаблюдаем за способностью ДНК к гиперхромному эффекту.