Молекулы в биологии презентация

Содержание

Слайд 1Молекулы в биологии (Биохимия)
Бизяев Никита Сергеевич, студент 3 курса каф. биохимии Биологического

факультета МГУ им. М.В. Ломоносова

Слайд 2Химические элементы в жизни



(из Ленинджера, 2012)


Слайд 3Законы термодинамики
Первый: Энергия не берется из ниоткуда и никуда не исчезает
«Вы

не можете выиграть» (здесь и далее на слайде цит. Носова)

Второй: В изолированных системах произвольно идут лишь процессы, в которых увеличивется энтропия (мера беспорядочности) системы
«Вы не можете остаться «при своих»

Третий: Лишь энтропия идеального кристалла индивидуального вещества при 0 К равна 0
«Вы не можете не участвовать в игре»

Слайд 4Энергия Гиббса
Если ΔG

равновесие (ΔG=0)

(из Koolman, 2005)


Слайд 5Равновесие
Принцип Ле-Шателье: Если на систему, находящуюся в равновесии, оказывать внешнее воздействие,

то в результате протекающих в ней процессов положение равновесия смещается в сторону, ослабляющую это воздействие

p

(из Третьякова, 2004)

(из Principles of General Chemistry)


Слайд 6Атом
Атом состоит из ядра и электронов
Ядро состоит из протонов и нейтронов
Атомы

различных элементов отличаются количеством протонов (атомное число Z)
Атом электронейтрален. Число протонов равно числу электронов

(из Principles of General Chemistry)





(из wikipedia)


Слайд 7Изотопы
Количество протонов одинаково, различно количество нейтронов
Атомная единица массы – 1⁄12 массы свободного

покоящегося атома углерода 12C
1 а.е.м. = 1 Дальтон = 1,66*10−24 г

(из Principles of General Chemistry)


Слайд 8Химические реакции
В процессе химических реакций ядро не изменяется
Изменяется электронная оболочка!
Участвует внешний

энергетический уровень (наиболее удален от ядра)

(из презентаций Костюка)


Слайд 9
Связь – минимум энергии при взаимодействии молекул
На нее разрыв нужно приложить

к молекуле энергию!


энергия связи

(из Principles of General Chemistry)

выигрыш в энергии не в разрыве «макроэргической» связи, а в более низкой свободной энергии продуктов!


Слайд 10Закон Кулона
Противоположные заряды притягиваются, одноименные- отталкиваются
ε – диалектрическая проницаемость среды. Чем

больше, тем меньше эффект взаимодействия зарядов:

(из wikipedia)

в СИ:

(из wikipedia)


Слайд 11 Ионная связь – электроотрицательный атом забирает электрон
Элекростатические взаимодействия


(из

презентаций Костюка)

(из Principles of General Chemistry)

у обоих завершены внешние оболочки!


Слайд 12 Полярная ковалентная связь – в молекуле у 2 разных атомов обобществляются

по 1 электрону (электронная пара), электронная плотность в молекуле смещена к более электроотрицательному одному из атомов
Такая молекула будет диполем, т.е. иметь + и – поля.
Дипольный момент (p) – произведение заряда на вектор расстояния от – к + заряду.

(из Principles of General Chemistry)



(из http://koi.tspu.ru/)


Слайд 13

(из Ленинджера, 2012)


Слайд 14
σ-связь перекрывание электронных оболочек по линии пересечения атомов. Более выгодная. Вокруг

нее возможно вращение (s-s, s-p, p-p)

π-связь – перекреывание элекронных оболочек не по линии пересечения атомов. Вокруг нее невозможно вращение (p-p)

(из Третьякова, Principles of General Chemistry и презентаций Костюка)


Слайд 15

(из Principles of General Chemistry)


Слайд 16
Конформация – положение в пространстве в результате свободного вращения вокруг одинарных

связей без разрыва каких-либо связей

Большие заместители создают друг другу стерические проблемы.
Они стремятся отдалиться друг от друга как можно дальше

(из Principles of General Chemistry)

(из Koolman, 2005)


Слайд 17Двойная связь порождает геометрические изомеры
(из http://rrrrrro.livejournal.com/)
Конфигурация – фиксированное расположение атомов

в пространстве

(из Ленинджера, 2012)


Слайд 18Способы изображения молекул
а) перспективная структурная формула
б) шаростержневая модель
в) модели с радиусами

атомов (здесь CPK, ван-дер-ваальсовы радиусы)
г) схематичное изображение типовых стркутур


г

(из http://www.rcsb.org/pdb)

(из Ленинджера, 2012)


Слайд 19

(из Ленинджера, 2012)


Слайд 22Разнообразие биологических молекул
белки
липиды
углеводы
нуклеиновые кислоты

витамины
разные низкомолекулярные соединения


Слайд 23Принципы устройства полимеров








мономеры -
«кирпичи»
полимер -
«здание из кирпичей»


Слайд 24 Электростатические (ван-дер-ваальсовы) взаимодействия – взаимодействие диполей

а) диполь-дипольное:
между двумя постоянным диполями, E

~ 1/r3
б) индукционное:
между полярной и неполярной молекулой, которая поляризуется под действием первой , E ~ 1/r6
в) дисперсионное (лондоновские силы):
взаимодействие между мгновенными диполями в результате случайных флуктуаций электронной плотности между в неполярной молекуле , E ~ 1/r6


(из Третьякова, 2004)


Слайд 25Водородные связи
Связь между H с отнятой электронной плотностью и сильно электроотрицательным

N, O, F (очень слабо S, Cl)
Диполь-дипольное (90%)+ донорно-акцепторное взаимодействие (10%)
Слабые связи (Едис=23 кДж/моль), короткое время жизни (1-20 пс)

(из Третьякова, 2004)

Их много в воде:
t плавления = 0 °C
t кипения= 100 °C
ε20 °C = 81 Ф/м

(из Ленинджера, 2012)

(из Principles of General Chemistry)


Слайд 26Формирование гидратных оболочек

(по http://shubu.ru/norka/)
(из Ленинджера, 2012)


Слайд 27Не все вещества полярны
полярные группы
неполярные группы























(из Ленинджера, 2012)


Слайд 28Неполярные вещества вокруг себя фиксируют воду в определенной ориентации, понижая энтропию

системы. Своим присутствием они нарушают структуру водородных связей 9повышают энтальпию)
Появляется стремление минимизировать контакт неполярных и полярных молекул (минимум энергии). «Подобное» контактирует с «подобным». Это и порождает гидрофобные взаимодействия


(из Ленинджера, 2012)


Слайд 29Нуклеиновые основания
Нуклеозиды:

N-ин N-зид

Слайд 30Нуклеиновая кислота - высокомолекулярное органическое соединение, полинуклеотид, образованный остатками нуклеотидов

На присоединение

1 нуклеотида к ДНК уходит 2 АТФ: 1 на собственно присоединение, 2 – на утилизацию пирофосфата

Слайд 31ДНК
В большинстве случаев: двуцепочечная молекула (дуплекса), состоящая из антипарлеллельных комплиментарно связанных

цепей

5’TTAGCTTAAGCGCTATA3’
3’AATCGAATTCGCGATAT5’




Слайд 32Центральная догма молекулярной биологии


Слайд 33Генетический код


Слайд 34
(из Ленинджера, 2012)


Слайд 35Полимеризация аминокислот. Пептиды и белки
Термины совершенно условные. Так по Ленинджеру:
Олигопептиды –

полимеризованные несколько аминокислотных остатков
Полипептиды – полимеризованные аминокислотные остатки до 10 000 Да
Белки – полимеризованные аминокислотные остатки более 10 000 Да

Как его зовут?

направление чтения

(из Ленинджера, 2012)


Слайд 36Структура белка
Первичная: аминокислотная последовательность
Вторичная: способы укладки аминокислотной последовательности
Третичная: все аспекты пространственной

организации беелка
Четвертичная: взаиморасположение нескольких полипептидных цепей

(из Ленинджера, 2012)


Слайд 38Кератин

(из Ленинджера, 2012)


Слайд 39Коллаген
3 левозакрученные цепи формируют правозакрученную суперспираль
(Gly-X-Y)n, X – часто Pro, Y

– 4-гидроксипролин
Колоссальная прочность при растяжении
аскорбат реактивирует 4-пролингидролазу

Gly


Слайд 40Фиброин


Слайд 41Гемоглобин
большее сродство к O2


Слайд 42Гем
миоглобин


Слайд 43Антитела


Слайд 44Миозин


Слайд 45Фолдинг белка


Слайд 47Высаливание


Слайд 48Детергенты


Слайд 50Гликоген и крахмал
снижен осмотический потенциал


Слайд 51Целлюлоза


Слайд 52Хитин


Слайд 54Группы крови


Слайд 56ФЕРМЕНТ
АДЕНОЗИН
Pi
Pi
Pi
АДЕНОЗИН
Pi
Pi
Pi

МОНОМЕР

МОНОМЕР


ΔG>0


Слайд 58Откуда взять энергию?


Слайд 59Регенерация АТФ
субстратное
фосфорилирование
фосфорилирование
на электрон-транспортной цепи


Слайд 60
Катализатор – вещество, ускоряющее протекание химической реакции.
Катализатор не смещает химическое равновесие.

Ферменты

– белки или РНК, являющиеся катализаторами
Являются очень эффективными и специфичными катализаторами

Слайд 61Специфичность связывания


Слайд 62Оптическая изомерия
падение старшинства
(из Ленинджера, 2012)


Слайд 65Ферментативная кинеика Михаэлса-Ментен

KM=
vmax=


Слайд 67Неидеальный случай
kcat – число оборотов

Оценка специфичности фермента:


коэффициент специфичности:




Слайд 69Ингибирование


Слайд 71Зависимость от pH


Слайд 77Используемая литература:
Koolman J. Color atlas of biochemistry. – Koolman J., Klaus-Heinrich

Roehm 2d edition, Stuttgart : Thieme, 2005.
Principles of General Chemistry v. 1.0 [Электронный ресурс] / URL: http://2012books.lardbucket.org/books/principles-of-general-chemistry-v1.0/ (дата обращения 28.01.2016)
Лекции Костюка А. по биохимии на Биологическом отделении в ЛМШ 2016 11 классу
Лекции Кузьменко Н.Е. по физической химии на 2 курсе биохимического потока Биологического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова в 2015-2016 годах
Ленинджер. Нельсон Д. Основы биохимии Ленинджера: в 3 т. Т. 1/ Д. Нельсон, М. Кокс; пер. с англ. – М.: БИНОМ. Лаборатория знаний, 2012 – 694 с.
Реутов О.А, Курц А.Л., Бутин К.П Органическая химия. / Учебник в 4ч. 1999 -2336с
Третьяков Ю.Д. Неорганическая химия:в 3 т./Под ред. Ю.Д. Третьякова. Т. 1: Физико-химические основы неорганической химии: Учебник для студ. высш. уеб. заведений/ М.Е. Тамм Ю.Д. Третьяков; – М.: Издательский центр «Академия», 2004 – 240 с.
https://ru.wikipedia.org/






Обратная связь

Если не удалось найти и скачать презентацию, Вы можете заказать его на нашем сайте. Мы постараемся найти нужный Вам материал и отправим по электронной почте. Не стесняйтесь обращаться к нам, если у вас возникли вопросы или пожелания:

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Что такое ThePresentation.ru?

Это сайт презентаций, докладов, проектов, шаблонов в формате PowerPoint. Мы помогаем школьникам, студентам, учителям, преподавателям хранить и обмениваться учебными материалами с другими пользователями.


Для правообладателей

Яндекс.Метрика