- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Генетическая структура популяции презентация
Содержание
- 1. Генетическая структура популяции
- 3. G/G
- 4. G/G
- 7. G/G G/A A/A A G
- 8. Вопрос 1: Насколько наши оценки близки к частотам в генеральной совокупности?
- 9. SD, SE & CI для частоты
- 10. 95%-CI частот (n небольшое)
- 11. Вопрос 2: Как соотносятся между собой частоты аллелей и генотипов?
- 12. Сэр Харди, как узнать частоты генотипов
- 14. Равновесие Харди-Вайнберга p = f0(A1A1) + 1/2f0(A1A2);
- 15. Равновесие Харди-Вайнберга http://en.wikipedia.org/wiki/Hardy–Weinberg_principle
- 16. Задачка На остров попало 10 особей А1А1
- 17. Задачка На остров попало 10 особей А1А1
- 18. Большая популяция http://www.ats.ucla.edu/stat/stata/ado/teach/heads.htm
- 19. Неперекрывающиеся поколения
- 20. Одинаковые частоты у обоих полов p + q
- 21. Частоты аллелей не меняются со временем мутации отбор поток генов дрейф генов
- 22. Koren © 1977 The New Yorker Magazine, Inc. Панмиксия
- 23. Ассортативное скрещивание Инбридинг/аутбридинг Внутренняя структура популяции Ассортативность по определенному фенотипу
- 24. Множественный аллелизм
- 25. Сцепление с полом Самки: 20 XA1XA1 10XA1XA2
- 26. Сцепление с полом Самки: 20 XA1XA1 10XA1XA2
- 27. Сцепление с полом http://www.mun.ca/biology/scarr/HW_with_sex_linked_loci.html
- 28. Несколько локусов f(A) = p, f(a) = q, f(B) = m, f(b) = n
- 29. Несколько локусов f(A) = p, f(a) = q, f(B) = m, f(b) = n
- 30. Вопрос 3: Что это все значит?
- 31. Вопрос 3: Что это все значит? Какие выводы можно делать из частот аллелей и генотипов?
- 32. Вопрос 3.1: Каково генетическое разнообразие популяции?
- 33. f(A1) = 0,5 f(A2) = 0,5 f(A1) = 0,98 f(A2) = 0,01 f(A3) = 0,01
- 34. MAF Частота более редкого аллеля для биаллельных локусов
- 35. Генное разнообразие Nei
- 36.
- 37.
- 39. Нуклеотидное разнообразие
- 40. Вопрос 3.2: Выполняется ли равновесие ХВ?
- 41. χ2 или точный тест Фишера
- 43. Ген А, р = 0,75 Ген B,
- 44. Вопрос 3.3: Случайны ли скрещивания в популяции?
- 45. Инбридинг
- 46. Эффект Валунда Поп1 А1А1 – 0,49; А1A2
- 47. F-статистика Райта Shane’s Simple Guide to F-statistics
- 48. F-статистика Райта
- 49. Elhaik E (2012) Empirical Distributions of FST
- 50. Другое определение FST
- 51. Аналог FST Shane’s Simple Guide to F-statistics
- 52. Вопрос 3.3: Насколько различаются популяции между собой?
- 53. Ген. дистанции между популяциями
- 54. Анализ главных компонент
- 55. Анализ главных компонент
- 57. Кластерный анализ
- 58. Кластерный анализ
- 59. Кластерный анализ Renaut et al., Biology, 2012
- 60. Вопрос 3.4: Действует ли естественный отбор?
- 61. Пример с куру
- 62. Jobling et al. 2014
G/G G/A G/G G/A G/G G/A G/G G/G A/A G/G
Слайд 12
Сэр Харди, как узнать частоты генотипов в следующем поколении?
Эх, биологи…
Надо было
учить математику, сэр Пённет!
Слайд 14Равновесие Харди-Вайнберга
p = f0(A1A1) + 1/2f0(A1A2);
q = f0(A2A2) + 1/2f0(A1A2);
f1(A1A1)
= p2; f1(A2A2) = q2; f1(A1A2) = 2pq
Слайд 16Задачка
На остров попало 10 особей А1А1 и 40 А1А2 (поровну самцов
и самок).
Какими будут частоты генотипов через одно и два поколения?
Какими будут частоты генотипов через одно и два поколения?
Слайд 17Задачка
На остров попало 10 особей А1А1 и 40 А1А2 (поровну самцов
и самок).
Какими будут частоты генотипов через одно и два поколения?
0,36 А1А1 0,48 А1А2 0,16 А2А2
Какими будут частоты генотипов через одно и два поколения?
0,36 А1А1 0,48 А1А2 0,16 А2А2
Слайд 23Ассортативное скрещивание
Инбридинг/аутбридинг
Внутренняя структура популяции
Ассортативность по определенному фенотипу
Слайд 26Сцепление с полом
Самки: 20 XA1XA1 10XA1XA2 20XA2XA2
Самцы: 50 XA1Y
f(A1) = (2*20+1*10+1*50)/(2*50+1*50)=
=
2/3
Слайд 43Ген А, р = 0,75
Ген B, p = 0,43
Ген C, p
= 0,14
Ген D, p = 0,48
Ген E, p = 0,56
Ген F, p = 0,68
Ген G, p = 0,38
Ген H, p = 0,20
…
Ген X, p = 0,04
Ген D, p = 0,48
Ген E, p = 0,56
Ген F, p = 0,68
Ген G, p = 0,38
Ген H, p = 0,20
…
Ген X, p = 0,04
Слайд 46Эффект Валунда
Поп1 А1А1 – 0,49; А1A2 – 0,42; A2A2 – 0,09
Поп2
А1А – 0,25; А1A2 – 0,5; A2A2 – 0,25
Что если их объединить?
Тоже снижение гетерозиготности
Что если их объединить?
Тоже снижение гетерозиготности
Слайд 49Elhaik E (2012) Empirical Distributions of FST from Large-Scale Human Polymorphism
Data. PLoS ONE 7(11): e49837. doi:10.1371/journal.pone.0049837
http://127.0.0.1:8081/plosone/article?id=info:doi/10.1371/journal.pone.0049837
http://127.0.0.1:8081/plosone/article?id=info:doi/10.1371/journal.pone.0049837
