- Главная
- Разное
- Дизайн
- Бизнес и предпринимательство
- Аналитика
- Образование
- Развлечения
- Красота и здоровье
- Финансы
- Государство
- Путешествия
- Спорт
- Недвижимость
- Армия
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Роль сателлитсвязывающих белков в высокоуровневой организации хроматина презентация
Содержание
- 1. Роль сателлитсвязывающих белков в высокоуровневой организации хроматина
- 2. Уровни упаковки генома Двойная спираль 10 нм
- 3. Хромосомы типа ламповых щеток
- 4. Доменная гипотеза организации эукариотического генома Весь геном
- 5. Insulator elements organize the chromatin fiber in
- 6. Experimental approach Nuclei DNase I 0,2 M
- 7. I. Mus musculus II. Homo sapiens Mus Homo
- 8. Saf-a/hnRNP U a b c d Lobov et al., 2000
- 9. - Saf-a IF - satMa FISH - DAPI Lobov et al., 2000
- 10. - Saf-a - CENP-B - DAPI
- 11. Saf-a/hnRNP U domain structure
- 12. Saf-a/hnRNP U specifically interacts with β-actin
- 16. Actin binds Saf-a/hnRNP U in vivo 0.5
- 17. Saf-a/GFP fusion proteins Saf-a FL 1-823 a/a
- 18. Actin co-localised with fusion Saf-a-GFP in HeLa cells Saf-a FL/pEGFP-N1 β-Actin/Fibrillarin Merged
- 19. Saf-a N1-12/GFP fusion protein Saf-a N1-12
- 20. Saf-a 21-22/GFP fusion protein Saf-a 21-22
- 21. Saf-a 31-N3/GFP fusion protein Saf-a 31-N3
- 22. QRTQK motif presents in other nuclear and cytoplasmic proteins
- 23. DNase fingerprinting GMSA Southwestern blot Lobov et al., 2001 Saf-a/hnRNP U DNA binding
- 24. Computer models of CEN and periCEN DNA
- 27. c b a Lobov et al., 2001
- 28. 80 Kb CEN region of NeoCEN10 CEN models Sullivan et al., 2001
- 29. Podgornaya et al., 2003
- 30. Identifying Functional Neighborhoods within the Cell Nucleus:
- 31. transcription site HP1γ euchromatin
- 32. Multiple Alignment Rod-domain like motifs in
- 33. ЯМ человека связывает центромерную альфа-сателлитную ДНК
- 34. Mus musculus ЯМ мыши связывает ДНК минорного
- 35. Homo sapiens ЯМ человека связывает прицентромерный сателлит 3
- 36. Аффинная хроматография Белок 70 кДа ЯМ человека связывает а-сат ДНК
- 37. Получение АТ Поликлональные АТ распознают белки массой р80, р70 и р57
- 38. Саузвестерн гибридизация Среди белков, распознаваемых сывороткой именно р70 отвечает за связывание с ДНК
- 39. Выявление IFA детерминанты Белок р70 обладает общей
- 40. P70 связывает а-сат ДНК и ДНК сателлита
- 42. Mass-spectrometry analysis: p70=RNA-helicase p68= DEAD/H box polypeptide 5
- 43. Распределение р70 в ядре HeLa
- 44. P70 по отношению к а-сат ДНК MRC5, Upregulated Single section (0.3μm) epifluorescent HeLa
- 45. P70 по отношению к сат3
- 46. Определение домена локализации р70 В фибробластах и
- 47. P70 Sc35 PML In MRC5, p70 has
- 48. P70 Sc35 PML In HeLa S (SD),
- 49. Direct Identification of Insulator Components by
- 50. Insulator elements organize the chromatin fiber in
- 51. Взаимодействие хромосом в интерфазе и в митозе
- 53. Inter-Chromosomal Contact Networks Provide Insights
- 54. Аггрегация хромосом
- 55. Wilson, 1925; Hsu et al.,1967;
- 56. Межхромосомная нить
- 57. Состав нити
- 58. ДНК (теломерная, интерстициальная, сателлитная) РНК (рибосомная, мРНК)
- 59. ДНК – FCP повтор зяблика Saifitdinova et al., 2001
- 60. M. Musculus – позднореплицирующаяся ДНК
- 61. MS4 MS3 MiSat MaSat M. Musculus – сатДНК межхромосомной нити
- 62. P68 в межхромосомной нити
- 63. Межхромосомная нить Енукашвили и др., 2002
Уровни упаковки генома Двойная спираль 10 нм фибрилла 30 нм фибрилла Петельные домены Фрагмент конденсированной хромосомы Метафазная хромосома 2 нм 1х 10 нм 6х 30 нм фибрилла 40х Петельные домены 700х
Слайд 2Уровни упаковки генома
Двойная спираль
10 нм фибрилла
30 нм фибрилла
Петельные домены
Фрагмент
конденсированной
хромосомы
Метафазная
хромосома
2 нм 1х
10
нм 6х
30 нм фибрилла 40х
Петельные домены 700х
Интерфаза
?
Из статьи:
Controlling the double helix
Gary Felsenfeld and Mark Groudine
Nature 421, 448-453
Слайд 4Доменная гипотеза организации эукариотического генома
Весь геном построен из однотипных блоков -
доменов, которые
могут включать один или несколько генов
могут включать один или несколько генов
Домены в целом находятся под контролем особых регуляторных
систем, которые контролируют их транскрипционный статус на уровне
упаковки (более компактной или менее компактной) всего домена в
интерфазной хромосоме
Активный домен
Неактивный домен
Слайд 5Insulator elements organize the chromatin fiber in the nucleus by establishing
separate compartments of higher-order chromatin structure. (A) Domains of open chromatin (yellow nucleosomes) are flanked by insulators (pink, blue and green spheres) that interact together to form a loop. (B) Diagram showing part of a nucleus with compartmentalized chromatin, anchored in part to the nuclear periphery by interactions of the insulators with the nuclear lamina (red lines).
Слайд 6Experimental approach
Nuclei
DNase I
0,2 M (NH4)2SO4
Nuclear matrix
Extraction
10mM TrisHCl pH=9,
EDTA, Triton X-100, DTT
Q-sepharose
ion
exchange
chromatography
chromatography
SDS-
Gel mobility shift assay
(GMSA, retardation)
+
GMSA
Polyclonal
Antibodies
Immunoprecipitation
Immunoblotting
Hipershift in GMSA
Immunofluorescence
Affinity
Chromatography
MALDI
(mass spectrometry)
Слайд 12Saf-a/hnRNP U specifically interacts with
β-actin in the nucleus
Actin and hnRNP
U cooperate for productive transcription by RNA Polymerase II
Kukalev A et al., Nature, 2005
Kukalev A et al., Nature, 2005
Слайд 16Actin binds Saf-a/hnRNP U in vivo
0.5 mM DSP
(dithiobis-
succinimidyl-
propionate)
Nuclear extract
preparation
8M Urea
DNase I
Pull
down
Слайд 18Actin co-localised with fusion Saf-a-GFP in HeLa cells
Saf-a FL/pEGFP-N1
β-Actin/Fibrillarin
Merged
Слайд 19Saf-a N1-12/GFP fusion protein
Saf-a N1-12
1-250 a/a - DNA-binding region
Saf-a 21-22/pEGFP-N1
DAPI
Merged
Слайд 20Saf-a 21-22/GFP fusion protein
Saf-a 21-22
250-550 a/a - middle part, potential NTP
binding domain
Saf-a 21-22/pEGFP-N1
DAPI
Merged
Слайд 21Saf-a 31-N3/GFP fusion protein
Saf-a 31-N3
550-823 a/a - RNA-binding region
Saf-a 31-N3/pEGFP-N1
DAPI
Merged
Слайд 24Computer models of CEN and periCEN DNA fragments
Ulanovsky L.E., Trifonov E.N.
1987
Estimation of wedge components in curved DNA
Nature 326:720-726
Estimation of wedge components in curved DNA
Nature 326:720-726
Слайд 30Identifying Functional Neighborhoods within the Cell Nucleus: Proximity Analysis of Early
S-Phase
Replicating Chromatin Domains to Sites of Transcription, RNA Polymerase II, HP1γ, Matrin 3 and SAF-A
Malyavantham ……Berezney, J Cell Biochem. 2008
Replicating Chromatin Domains to Sites of Transcription, RNA Polymerase II, HP1γ, Matrin 3 and SAF-A
Malyavantham ……Berezney, J Cell Biochem. 2008
Слайд 34Mus musculus
ЯМ мыши связывает ДНК минорного сателлита
NEx
NM
E.coli/MiSat
50
75
75
50
50
150
50
75
75
75
50
50
150
50
75
Слайд 38Саузвестерн гибридизация
Среди белков, распознаваемых сывороткой именно р70 отвечает за связывание с
ДНК
Слайд 39Выявление IFA детерминанты
Белок р70 обладает общей антигенной детерминантой с белками промежуточных
филаментов
а
205
116
97
84
66
55
45
36
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
Слайд 46Определение домена локализации р70
В фибробластах и HeLa р70 находится в SC35
доменах и фибрилах между ними
Слайд 48P70
Sc35
PML
In HeLa S (SD), p70 has been found in SC 35
but not in PML
HeLa S, grown in serum deprived medium
Слайд 49Direct Identification of Insulator
Components by Insertional Chromatin
Immunoprecipitation
Toshitsugu Fujita, Hodaka
Fujii*
PLoS ONE, 2011
PLoS ONE, 2011
CCCTC-binding factor (CTCF)
Direct Identification of Insulator
Components by Insertional Chromatin
Immunoprecipitation
Toshitsugu Fujita, Hodaka Fujii*
PLoS ONE, 2011
CCCTC-binding factor (CTCF)
Слайд 50Insulator elements organize the chromatin fiber in the nucleus by establishing
separate compartments of higher-order chromatin structure. (A) Domains of open chromatin (yellow nucleosomes) are flanked by insulators (pink, blue and green spheres) that interact together to form a loop. (B) Diagram showing part of a nucleus with compartmentalized chromatin, anchored in part to the nuclear periphery by interactions of the insulators with the nuclear lamina (red lines).
Слайд 53
Inter-Chromosomal Contact Networks Provide Insights into Mammalian Chromatin Organization
Stefanie
Kaufmann, Christiane Fuchs, Mariya Gonik, Ekaterina E. Khrameeva, Andrey A. Mironov, Dmitrij Frishman
Контакты в области центромера и активного хроматина
Слайд 55Wilson, 1925;
Hsu et al.,1967;
Hoskins, 1968;
Henderson et al.; 1973;
Schneider
1973;
Takayama, 1976;
Chiarelli et al. 1977;
Bennet et al., 1983;
Lavany et al., 1984
Radic et al., 1987;
Maniotis et al., 1997;
Nagele et al., 1998;
Dozortsev et al., 2000;
Saifitdinova et al., 2001
Enukashvily et al., 2005
Kuznetsova et al., 2007
Marco et al., 2008
Takayama, 1976;
Chiarelli et al. 1977;
Bennet et al., 1983;
Lavany et al., 1984
Radic et al., 1987;
Maniotis et al., 1997;
Nagele et al., 1998;
Dozortsev et al., 2000;
Saifitdinova et al., 2001
Enukashvily et al., 2005
Kuznetsova et al., 2007
Marco et al., 2008
Межхромосомную нить наблюдали:
Слайд 57Состав нити
600 А
(200 по
другим данным)
20 А
10 А
кинетохор
ДНК-аза
– утрата связи
РНКаза и пепсин –
утрата эластичности
Слайд 58ДНК (теломерная, интерстициальная, сателлитная)
РНК (рибосомная, мРНК)
Белки, в т.ч. чувствительные к меркаптоэтанолу
и малорастворимые
Состав нити
